Organisation
ArtDatabanken är en del av SLU:s organisation och bedrivs vid fakulteten för naturresurser och lantbruksvetenskap i Uppsala. Verksamheten leds av chef, med stöd av en biträdande chef, en ledningsgrupp och en styrgrupp om nio personer. Ett administrativt kansli sköter samordningen.

Verksamheten organiseras i sex program
Program arter
Program arter ansvarar för att sammanställa kunskap om Sveriges djur- och växtarter och genomföra analyser av populationsstatusen och miljötillståndet för djur- och växtarter och deras livsmiljöer i Sverige. Programmet ansvarar också för att ta fram den nationella rödlistan. ArtDatabankens databaser över artfakta och artobservationer, inkl. artportalen utvecklas och förvaltas inom programmet, som även hanterar frågor om fridlysning, sekretess m.m.
Program naturtyper
Arbetsuppgifterna inom detta program styrs av uppdrag som Naturvårdsverket och ArtDatabanken överenskommer om på årlig basis. Det handlar bland annat om stöd till genomförande av EU-direktiven inom naturvårdens område, samt stöd och medverkan i olika projekt som Naturvårdsverket driver: basinventering av skyddade områden, uppföljning av biologisk mångfald, åtgärdsprogram för hotade arter m.m.
Program taxonomi
Här hanteras planering, utlysning, ansökningsgranskning och uppföljning av Svenska artprojektets anslag till inventeringar och taxonomisk forskning samt stöd till landets biologiska museer. Vidare hanteras planering och koordinering av tematiska workshops, forskarskola och särskilda större inventeringar inom ramen för Svenska artprojektet. Programmet ansvarar även för ArtDatabankens taxonomiska databas och kommittén för svenska djurnamn, samt Sveriges nationella nod för The Global Taxonomy Initiative.
Program Nationalnyckeln
Programmet svarar för produktion och utgivning av Nationalnyckeln till Sveriges Flora och Fauna, ett populärvetenskapligt bokverk över Sveriges djur och växter. Nationalnyckeln utgör en del av Svenska artprojektet.
Program information
Program Information ansvarar för samordning av ArtDatabankens omfattande arbete med information, kopplat såväl till ArtDatabanken som helhet som till de andra programmens särskilda verksamhet. Det handlar om webbsidor, publicering av böcker och andra trycksaker, utställningar, seminarier, kurser, föreläsningar samt ArtDatabankens årliga Flora- och faunavårdskonferens.
Program IT
Program IT ansvarar för utveckling, drift och underhåll av ArtDatabankens olika datatjänster både internt och externt. Program IT innefattar till exempel arbete med Artportalen, Dyntaxa, samt en omfattande artfakta-databas med tillhörande verktyg för att analysera och hantera in-/utgående data.
Kommittéer
Till ArtDatabanken är flora- och faunavårdskommittéer för de olika organismgrupperna knutna. Många av landets främsta experter återfinns i dessa kommittéer. De har bl.a. till uppgift att vart femte år ta fram det vetenskapliga underlaget för revidering av den nationella rödlistan.
ArtDatabankens styrgrupp
Ledamöter t.o.m. 2012-12-31:
Manuela Notter (ordf.) Naturvårdsverket, enhetschef miljöövervakningsenheten
Jan-Olof Westerberg (vice ordf.) Naturhistoriska riksmuséet, chef
Henrik Andrén SLU, inst. för ekologi – viltekologi Grimsö, professor
Mikael Karlsson SNF (svenska naturskyddsföreningen), ordförande
Jenny Kreuger SLU, inst. för mark och miljö, sektionschef samt CKB (kompetenscentrum för kemiska bekämpningsmedel), förest.
Ivar Myklebust Artsdatabanken i Norge, chef
Jonas Rönnberg SLU, inst. för sydsvensk skogsvetenskap, vice dekan
Christer Segersten LRF Skogsägarna, ordförande
Ulrika Stensdotter-Blomberg Havs- och vattenmyndigheten