I ett yttrande till Mark- och miljödomstolen kräver Naturvårdsverket en samlad miljökonsekvens -beskrivning för de fyra separata ansökningar enligt miljöbalken som avser dels tre tillfälliga hamnar i Östra Mälaren dels en sänkning av grundvattennivån när en17 km lång tunnel anläggs. Naturvårdsverket anser att lokaliseringen av hamnarna inte prövades i regeringens tillåtlighetsbeslut och att hamnarna påverkar samma vattenområde som är vattentäkt för 2 miljoner människor. Tunnelbygget leder till att grundvattennivån sänks i ett område med höga naturvärden. Trafikverket bör därför komplettera sin ansökan med en samlad bedömning av de verksamheter som kräver tillstånd och redovisa skyddsåtgärder och försiktighetsmått. Naturvårdsverket anser också att det är oklart om allmänheten och andra som berörs av anläggningsarbetena har fått möjlighet att lämna synpunkter på ansökan på det sätt som miljöbalken kräver.