Biologisk mångfald

Detaljerade analyser av mikrobiella samhällen i olika miljöer är en viktig komponent i många av institutionens forskningsprojekt.

Vi undersöker svamp- och bakteriesamhällen i skogsmark, arktiska system, ved, förna, jordbruksmark och skörderester, men även parasitiska skadeorganismer i levande växter och insekter. Vår forskning kan beskrivas inom fem områden:

Marksvampars diversitet i relation till klimatförändringar, markbördighet och skogsskötsel.
Svamparnas funktionella egenskaper i relation till nedbrytning, kväveomsättning och vittring i boreala och alpina ekosystem.
Mångfald och dynamik hos svampsamhällen i ved och förna.
Mikrobiella samhällen associerade med jordbruksgrödor i relation till näringsupptag och växtskydd.
Utveckling av laborativa och bioinformatiska metoder för storskalig analys av mikrobiella samhällen.

Rödbandad spindling i naturreservatet Lunsen utanför Uppsala (foto: Cajsa Lithell).

Mykologigruppen i Uppsala - pionjärer inom molekylär ekologi!

Utvecklingen av nya molekylära metoder inom ekologisk forskning fortskrider hela tiden i hög takt. Mykologigruppen i Uppsala ligger i framkant när det gäller användningen av molekylära tekniker för att studera svampsamhällen. Startskottet gick 1997, då restriktionsmönster användes för att identifiera mykorrhizasvampar på rotspetsar (Kåren et al., 1997, New Phytologist 136). Sekvensering av molekylära markörer gjorde identifiering av mykorrhizarötter betydligt enklare (t.ex. Rosling et al., 2003, New Phytologist 159) och medförde ett behov av högkvalitativa databaser av referenssekvenser (UNITE). Med hjälp av nya tekniker; DDGE (t.ex. Santos et al., 2006, New Phytologist 172), T-RFLP och sekvensering av klonbibliotek (t.ex. Lindahl et al., 2007, New Phytologist 173) kunde vi studera komplexa samhällen av mikroorganismer och identifiera de ingående arterna. Nu använder vi massekvensering (454-pyrosekvensering) för att kunna göra detaljerade och semikvantitativa analyser av mikrobiella samhällen i ett stort antal prover (t.ex. Wallander et al., 2010, New Phytologist 187). De nya analyserna resulterar i miljontals DNA-sekvenser, som måste genomgå automatiserad databearbetning innan de kan tolkas på ett biologiskt meningsfullt sätt. Vi har utvecklat egen bioinformatisk programvara som grupperar och identifierar DNA-sekvenser från komplexa mikrobiologiska samhällen ((SCATA), och samarbetar med andra forskargrupper för att vidareutveckla referensdatabaser (Nordforsk).