Jämförande svampgenomik
Vi använder kompletta genomsekvenser och kompletta transkriptom för att öka kunskapen om hur svampar interagerar med sin omgivning. Vi är inblandade i flera genomprojekt och internationella samarbeten inom jämförande svampgenomik.
Samspelet mellan svampar och deras omgivning, t.ex. växter, andra svampar och bakterier, formar vilken uppsättning av gener som återfinns inom ett genom. På vår institution har vi en lång tradition av att studera sådana interaktioner både i fält och på labbet. Resultatet är en verktygslåda med modellsvampar, t ex Heterobasidion sp, Serpula sp och Clonostachys.sp, som används för att svara på olika frågor. För närvarande använder vi moderna sekvenseringsmetoder med hög genomströmmning för att karakterisera genomen hos våra modellarter. Genom att jämföra genomsekvenser och, mer specifikt, genuppsättningar, kan man få reda på vilka faktorer som har varit viktiga under artens evolution. Det inkluderar de funktioner, gener och syntesvägar som har evolverats inom arten.