Hussvampens genom

Hussvampen, Serpula lacrymans hela genom sekvenseras och analyseras inom med ett internationellt forskarkonsortium i samarbete med Joint Genome Institute, Department of Energy, USA.

Serpula lacrymans är en brunrötesvamp som främst förekommer i byggnader inom det tempererade klimatområdet. Bild: Nils Högberg.

Projektet syftar till att finna vednedbrytande enzym som kan användas vid framtida biobränsleuteveckling. Vid vår institution studeras genfamiljsevolution, jämförande genomik och transriptom, det vill säga hussvampens genuttryck. Genuttrycket studeras med avseende på vednedbrytning, mineralvittring och fruktkroppsbildning med hjälp av NimbleGen microarrays och Illlumina-sekvensering. Husssvampens genom visade sig innehålla 13 000 gener. Analyser av arvsmassan och jämförelser med andra svampar visar att hussvampen har ”tappat” flera enzymer som andra arter måste ha för att kunna bryta ned ved, men att den i stället har ett nyupptäckt och mycket energieffektivt enzym.

Trä består av långa cellulosafibrer inbäddade i kortare kolhydratkedjor, samt lignin som klistrar ihop det hela med en komplicerad kemisk struktur. Detta gör trä mycket motståndskraftigt mot svampangrepp. Hos svampar med en evolutionärt sett äldre form av vednedbrytning används en bred uppsättning av enzymer som bryter ned samtliga vedkomponenter. Hussvampen hoppar däremot över den energikrävande nedbrytningen av lignin, men kan tillgodogöra sig vedens cellulosa och hemicellulosa ändå. Genom att ”bombardera” vedfibrerna med starka radikaler spräcker de cellulosakedjorna utan att först avlägsna ligninet. Hussvampens genom publicerades 2011 i den vetenskapliga tidskriften Science. Artikeln finns att läsa här.