Verksamheten vid veterinärinrättningen i Stockholm var från början helt hästinriktad och bedrevs i nära samarbete med hästregementena i staden. År 1867 blev det en påtaglig breddning av funktionerna. Det inrättades nya tjänster, en professur i kirurgi och obstetrik, en i patologi och terapi samt en i husdjursskötsel och veterinärrättsvetenskap. Samtidigt etablerades en ambulatorisk klinik. Som professor i husdjursskötsel och chef för den ambulatoriska kliniken utnämndes Ernst Morell, som därmed blev den förste läraren i området sjukdomar hos lantbrukets djur.
Läroämnet bujatrik (grekiskans bou´s=nötkreatur, iatrike´=läkekonst) introducerades 1915. En tjänst som professor i bujatrik och obstetrik, vars förste innehavare blev Harry Stålfors inrättades. I tjänsten ingick även svinets sjukdomar samt att vara chef för ambulatoriska kliniken. År 1922 tillkom en tjänst som laborator och på den förordnades
Nils Lagerlöf. Han ägnade de första åren på tjänsten åt bujatriken. För att förbättra möjligheterna att bedriva undervisning och forskning arbetade han för att få till stånd en stationär klinik och 1926 kunde en sådan inrättas.
Vid den upprustning av veterinärhögskolan som ägde rum år 1949 delades institutionen i två, Obstetrik och gynekologi respektive Medicin för idisslare. Sven Hoflund utnämndes till professor och chef för den senare. Samtidigt överfördes ämnet svinsjukdomar till Medicin för icke idisslare. Ambulatoriska kliniken hörde därefter administrativt till Obstetrik och gynekologi, men verksamheten var delad, så att personal från Medicin för idisslare tog hand om de fall, som hörde till den disciplinen. I samband med högskolereformen 1968 bytte institutionen namn till Medicin II.
En arbetsenhet för veterinärmedicinsk epidemiologi inrättades 1984 vid fakulteten för veterinärmedicin. Enheten hade från början enbart en tjänst som doktorand men utökades året efter med en universitetslektor. Huvudansvaret var att bedriva undervisning för veterinärstudenter. Den fristående enheten slogs 1997 samman med Medicin II, då det även blev ett namnbyte till Institutionen för idisslarmedicin och epidemiologi (IME, numera en avdelning inom Institutionen för kliniska vetenskaper). Verksamheten inom veterinärmedicinsk epidemiologi utökades väsentligt 1998 i och med SLU:s strategiska satsning på husdjursepidemiologi som innebar att en statistiker och en forskarassistent tillsattes och år 2004 inrättades en tjänst som professor.
Basen i avdelningens verksamhet var ursprungligen nötkreaturens sjukdomar, vilket alltjämt utgör den största delen även om såväl svin, hundar, katter som hästar utgjort bas för forskning efter sammanslagningen med enheten för epidemiologi.