SLU-forskare leder internationellt analysnätverk

Ny storskalig sekvenseringsteknologi har revolutionerat biomedicinsk forskning och har expanderat till många nya forskningsfält. Den nya storskaliga sekvensteknologin ger bland annat forskarna möjlighet att förstå arvsmassans betydelse för sjukdomars uppkomst hos djur, växter och människa. Frågor kan ställas på helt nya sätt med mer storskaliga metoder.

Enkelt uttryckt är NGS, Next Generation Sequencing, de nya avancerade metoder som finns för att sekvensera genom, alltså kartlägga en levande varelses gener. När man för några år sedan kartlade människans arvsmassa tog det flera år att sekvensera människans genom, och kostnaden var miljontals kronor. Med nuvarande metoder kan samma arbete göras på någon vecka till en kostnad av några tiotusentals kronor och forskarna räknar med att inom kort kunna göra det på en dag till en kostnad av under 10 000 kr.

– Tack vare genomsekvensering ges nya möjligheter att studera olika livsvetenskapsproblem i varelser från växter och bakterier och uppåt i utvecklingskedjan, till människa och andra däggdjur. Problemen är bland annat hur man tar hand om dessa enorma mängder av data, säger Erik Bongcam-Rudloff som finns vid SLU:s institution för husdjursgenetik.

– Det här är ett projekt där spjutspetsforskare från hela Europa samarbetar över gränserna. Nu kan de ledande forskningslaboratorierna samarbeta i stället för att var och en ska uppfinna sina egna hjul, säger Erik Bongcam-Rudloff. Att vi fick detta stöd från COST är väldigt prestigefyllt, av hundra ansökningar godkändes bara tre.

Nätverket, som nu stöttas av COST består av forskare från 18 länder, däribland fyra svenskar, förutom Erik Bongcam-Rudloff deltar även professor Bengt Persson från Linköpings universitet, Thomas Svensson, Science for Life Laboratory i Stockholm och Jonas Hagberg, UPPMAX/UPPNEX, Uppsala universitet.

COST står för European Cooperation in Science and Technology och är ett av de äldsta ramverken för forskningsstöd i Europa (www.cost.esf.org).

Mer information:
Erik Bongcam-Rudloff, erik.bongcam@slu.se, tel 018-67 21 21, 070-425 07 57