Får en miljon euro för att utveckla bioinformatiklösningar

Färdigställandet år 2000 av den första kompletta genomsekvensen för människa utlöste en världsomspännande forskaransträngning för att förstå och tolka all den genetiska information som styr vår uppbyggnad.

Många projekt har med framgång identifierat sjukdomsalstrande gener och genmodifikationer. Dessa projekt har producerat ett stort antal nya analytiska och prediktiva datorprogram. En stor del av denna utveckling, har varit fokuserad på humanmedicin medan betydligt mindre ansträngning har lagts ned på att skapa datorverktyg för analys av genomen (arvsmassan) för de tusentals organismer som människan är beroende av och lever i symbios med. Det är här som projektet AllBio kommer in. AllBio fokuserar på tre områden: encelliga organismer, växter och djur.

En varierande grad av vetenskaplig samordning har vuxit fram mellan de icke-humanmedicinska forskarsamhällena. Inom vissa områden har de redan enats om ontologier (ung. överenskomna kategoriindelningar och benämningar), gemensamma arbetsmetoder och standarder. Men bara en mindre del av tiden har gått till den mycket större uppgiften att harmonisera forskningen mellan dessa samhällen.

Denna samordning kommer att kräva att parterna samarbetar inom en rad aktiviteter såsom vid konstruktion av ontologier för data och metoder och vid etablering av gemensamma standarder för driftkompatibilitet.

AllBio kommer att agera på europeisk nivå, eftersom databaser, programvara och mänsklig kompetens måste koordineras på ett sätt som inte bör begränsas till enbart nationell skala.

Projektet kommer i början att organisera flera nationella forskarmöten för att formulera så kallade “test cases”. Bland dessa väljs sedan de vanligaste och viktigaste bioinformatiska problemen ut och arbetet med att finna lösningar vidtar.

Detta EU-projekts huvudkoordinator och ledare för däri ingående grupp av bioinformatikexperter från nio olika länder är SLU-forskaren Erik Bongcam-Rudloff. Projektet har tilldelats en miljon euro fördelade över tiden november 2011 till november 2014.

För mer information: Erik Bongcam-Rudloff, institutionen för Husdjursgenetik, SLU, Erik.Bongcam@slu.se , tel 018-67 21 21

Projektets hemsida: www.allbioinformatics.eu