Granens gengåta på spåren

Nu hade man nämligen hjälp av en effektiv gensekvenseringsapparat på Science for Life Laboratories i Stockholm. Trots detta så har det tagit mer än ett och ett halvt år av sekvensering för att få ihop tillräcklig information om granens arvsmassa (genom), som kommer att bli det största som hittills sekvenserats.

– Spruce genome project är ett spjutspetsprojekt för svensk genomforskning och har ställt helt nya krav på sekvenseringsstrategier, programvaror för analys och datorer, säger professor Ove Nilsson vid UPSC.

Ove leder styrgruppen för grangenomprojektet, där forskare vid UPSC, KTH och KI samarbetar med forskare från Kanada, Italien och Belgien.

Projektet pågår under fem år, men att ta fram granens genetiska kod är bara en liten del av arbetet. Parallellt arbetar man med att utveckla metoder där genomsekvensen används för att hitta markörer för olika i trädförädlingen åtråvärda egenskaper, såsom motståndskraft mot olika sjukdomar och vedegenskaper.

– Mängden information som vi genererar i detta projekt är fullständigt ofattbar, säger Ove. Man kan visualisera detta med att jämföra antalet nukleotider (A, C, G och T) i granens genetiska kod med antalet bokstäver i en bibel. Jag kom då fram till att vi så här långt har producerat DNA-sekvens som åtminstone motsvarar antalet bokstäver i en hyllrad med biblar som sträcker sig mellan Stockholm och Uppsala.

Forskarna tror dock inte att granen har fler gener än andra växter, snarare tyder preliminära data på att granen har ovanligt få gener, och att resten av arvsmassan består av oändliga rader av repetitiva DNA-sekvenser med okänd funktion.