Ytvatten, grundvatten, dricksvatten, alla vatten
Utgående från var vattenproverna är tagna delas de in i kategorierna: grundvatten, ytvatten och dricksvatten. Det blir en viss överlappning mellan kategorierna eftersom ett prov som kommer från t.ex. en borrad dricksvattenbrunn ingår i både kategorin grundvatten och dricksvatten. Om det inte framgår om provet kommer från grundvatten eller ytvatten och det inte heller är klassificerat som dricksvatten kommer provet endast att ingå i sammanställningarna "Alla vatten".
Grundvatten som på konstgjord väg har infiltrerats går under klassificeringen grundvatten. Konstgjort grundvatten kan exempelvis fås genom att ytvatten pumpas upp och infiltreras genom en sandås för att bilda "nytt" grundvatten.
Förändringar som påverkat fördelningen av prover mellan vattenkategorier
Under slutet av 1980-talet fanns möjlighet för länen att få bidrag från Naturvårdsverket för att undersöka förekomsten av växtskyddsmedel i svenska vattendrag. År 1991 togs dessa bidrag bort och till följd av det sjönk antalet undersökningar i ytvatten kraftigt. Först i slutet av 1990-talet steg antalet prover tagna i ytvatten igen.
År 2003 infördes nya bestämmelser för dricksvatten och man bytte fokus från råvattnet (provtagning i vattentäkterna) till att istället provta det vatten som når konsumenterna (dricksvatten). Det gör att även de valda åtgärden för att få dricksvattnet tjänligt kommer att påverka resultatet av analyserna. Detta på grund av att vissa metoder att bereda dricksvatten på olika sätt kan minska halterna av bekämpningsmedel. Det bör även beaktas att många vattenverk som inte har klarat gränsvärdet för tjänligt dricksvatten, har avvecklats under tidsperioden. Således har antalet dricksvattenprov med förhöjda halter av växtskyddsmedel minskat i takt med att provtagningen slutat i de vattenverken som inte används längre.
Fördelningen av prover mellan de olika vattenkategorierna har förändrats över tiden i den Regionala Pesticiddatabasen. Det bör tas hänsyn till vid tolkning av förändringar i fynd över åren, speciellt när alla vattentyper studeras samtidigt. Den tydligaste utvecklingen är att antalet grundvattenprover ökat under de senaste 10 åren, medan antalet ytvattenprover har varit relativt konstant under tidsperioden. Likaså kan man se att det under senare år har tagits allt fler prov för rutinkontroll på färdigbehandlat dricksvatten, samtidigt som antalet prov där man misstänkt specifika problem med förekomst av växtskyddsmedel minskat.