Författarna av denna syntes har identifierat en inbyggd konflikt mellan två av vattendirektivets målsättningar: allmänheten ska vara med och ha inflytande över besluten. Samtidigt är det övergripande målet redan fastslaget: alla vatten ska uppnå god ekologisk status. Det finns en otydlighet kring hur målet med god ekologisk status ska definieras. Går det att kombinera de bägge målen och använda allmänhetens kunskap för att identifiera önskvärda vattenkvalitetsmål
För att återställa ett försurat, förorenat eller på annat sätt påverkat vatten krävs en uppfattning om vad målet är. Ofta används någon form av referensvärde som mål men det är inte alltid lätt att slå fast vilket referensvärde som ska användas.
När det gäller försurade sjöar använder Sverige sedan många år ett referensvärde för sjöar och vattendrag som baseras på ett tillstånd som motsvarar år 1860. När EU:s ramdirektiv för vatten började gälla i Sverige 2004 ökade kraven på vattenförvaltningen. Ett övergripande mål i direktivet är att alla vatten ska uppnå god ekologisk status till 2015, men vilka referensvärden som ska användas för att jämföra mot är vagt beskrivet.