CV-sida

Jakob R Ottoson

Presentation

Jag är docent i infektionsbiologi med särskild inriktning mot hälsorelaterad miljömikrobiologi, d.v.s. sjukdomsframkallande mikroorganismers beteende utanför sin värd och risken för smittspridning från miljön t.ex. via vatten, foder och livsmedel. Jag delar min tjänst mellan institutionen för Biomedicin och veterinär folkhälsovetenskap (BVF) och Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA). En av mina uppgifter på universitetet är att vara koordinator för unga forskare som är knutna till centrumbildningen Framtidens lantbruk.

Risken för smittspridning kan i många fall bli begränsande både vad det gäller livsmedelsproduktion och markanvändning i morgondagens uthålliga samhälle. Jag tänker närmast på hur vi ska försörja en ökande befolkning globalt utan att tära på ändliga resurser såsom olja och fosfor. För att detta ska vara möjligt krävs ett ökat återförande av samhällets avfall till produktiv mark vilket öppnar upp för nya (nygamla) smittspridningsvägar mellan människor och djur. Urbant och periurbant jordbruk har potential att vara uthålliga, men medför också utmaningar med avseende på zoonoser och pandemier. Ett verktyg som underlättar att föra in hälsoaspekterna som indikator för uthållighet är mikrobiologisk riskvärdering som ger beslutsfattare möjlighet att på ett tidigt stadium jämföra olika lösningar sinsemellan med avseende på smittrisker. En viktig komponent i riskvärderingsprocessen är att identifiera kunskapsluckor som behöver fyllas för att förbättra modellerna. Luckor som ligger till grund för framtida forskningsansökningar. Några av mina projekt presenteras nedan. Förutom forskningsprojekt har jag utfört uppdrag åt bland annat LRF och HaV med avseende på risker med smittspridning via vatten från lantbrukens djur och små avloppsanläggningar.

Aquavalens – Protecting the health of Europeas by improving methods for the detection of pathogens in drinking water and water used in food preparation: Uppskattningsvis dör närmare två miljoner människor årligen p.g.a. infektionssjukdomar som sprids via vatten. Även om vi i Europa har bättre förutsättningar än i många andra delar av världen sker dricksvattenburna utbrott som ibland skördar liv och som är kostsamma för samhället. Genom att bättre och snabbare kunna identifiera mikroorganismerna i miljön kommer säkrare vatten produceras och användas för bevattning. Aquavalens är ett stort EU-projekt bestående av 39 partners från 14 länder och många olika bakgrunder; organisationer, yrken och vetenskaper. Projektet är indelat i fyra kluster: 1) Tillämpad mikrobiologi - där vi ska identifiera molekylära mål, markörer och gensekvenser som ger bättre insyn i förekomsten av patogener i vatten, deras viabilitet och virulens samt möjligheter för smittspårning; 2) Plattformar för detektion - där vi utvecklar verktyg för att påvisa dessa målsekvenser i vatten, automatisering, integrering och standardisering av metoderna till livskraftiga plattformar för snabb och korrekt detektion; 3) Provtagning - där vi utför provtagningsprogram för stora och små vattenverk samt vatten för livsmedelsproduktion med de nya plattformarna; 4) Effekt - slutligen ska alla resultat syntetiseras för att öka kunskaperna med hälsorisker från vatten, hur dessa påverkas av klimatförändringar och nya patogener samt hur riskerna mest effektivt kan minskas. Speciellt fokus kommer att ligga på vilken effekt inrättandet av vattensäkerhetsplaner har och hur våra nya metoder förbättrar och förenklar inrättandet av dem (www.aquavalens.org).

Mikrobiologiska dricksvattenrisker – Verktygslåda för fekal källspårning på laboratoriet och i fält: Årligen registreras mellan ett och tretton dricksvattenburna sjukdomsutbrott i Sverige där alltifrån ett fåtal och upp till tiotusentals människor drabbas. Orsakerna till utbrotten varierar, men det vanligaste kända scenariot är att avföringspåverkat råvatten på grund av otillräcklig beredning når ut till konsumenten. Eftersom avföring från både människor och djur kan innehålla mikroorganismer som gör oss sjuka finns det många potentiella källor till utbrott som exempelvis enskilda avlopp, utsläpp från reningsverk, strandbetande djur och naturgödsling. Låga infektionsdoser hos de sjukdomsframkallande mikroorganismerna som kan spridas via dricksvatten gör dessutom även små avföringstillskott till potentiella hälsorisker. Framtida klimatförändringar i form av ökad nederbörd och mer frekventa skyfall kan via ytavrinning och översvämningar riskerar att öka tillförseln av fekala föroreningar till råvattentäkterna från exempelvis jordbruksmark och bräddade avlopp. Utifrån de mikrobiologiska parametrar som rutinmässigt undersöks vid analys av råvatten går det att bedöma generell kvalitet och i viss mån även ifall råvattnet är påverkat av avföring. Analyserna är dock trubbiga och brister i förmågan att snabbt och enkelt ge information om specifik typ av föroreningskälla och även om föroreningskällors läge. Projektet sker i samverkan mellan SLV, SVA och FOI och avser att via en bred ansats med kemiska, fysikaliska samt molekylär- och mikrobiologiska metoder utvärdera och vidareutveckla möjligheterna till fekal källspårning i vattentäkter, både i proaktivt syfte och vid dricksvattenburna sjukdomsutbrott. Projektet ska mynna ut i att (1) snabba, enkla och kostnadseffektiva verktyg för källspårning finns till hands, (2) förmågan att begränsa dricksvattenkriser höjs och (3) källor till utbrott oftare identifieras och åtgärdas.

VISK, virus i vatten skandinavisk kunskapsbank: VISK är ett nyss avslutat EU-projekt som syftade till att minska samhällets sårbarhet för vattenburen virussmitta i ett förändrat klimat. Detta genom att skapa kunskapsnätverk, beskriva åtgärder för riskhantering, ta fram bättre metoder för analys och avskiljning av virus samt genom att sprida information om risk och säkerhet. Arton forskningsinstitutioner, myndigheter och kommuner i Sverige, Norge och Danmark var involverade i projektet och SVA ansvarade dels för försök på desinfektionens effekt på virus i vatten under skandinaviska förhållanden. Undertecknad ledde dessutom arbetspaketet Riskkommunikation (www.visk.nu).

Fluresist - Avian Influenza Virus Survival in Poultry Commodities, Poultry Manure and the Environment: Aviär influensa (AI) har orsakat stora förluster för fågelnäringen. Under tvåtusentalet uppskattas 200 miljoner fåglar ha dött eller avlivats efter infektion med influensa av subtyperna H5 och H7, varav ca 50 miljoner i Europa. Dessutom har dödsfall på människor rapporterats i fler av utbrotten. Utbrotten i Asien av subtyp H5N1 är angeläget för såväl livsmedelssäkerhet som människors hälsa. Högpatogena H5N1 som korsar artbarriären, d.v.s. infekterar andra djur än fåglar, sprider oro för en ny pandemi bland människor. Viruset sprids inte enbart genom handel med fåglar utan även med vilda fåglar, framför allt änder. Inom EU-projektet Fluresist pågick bl.a. forskning på influensavirusets stabilitet i mark och vatten samt effekten av behandling av kläckeriavfall och gödsel. Dessa aktiviteter utfördes på SVA för att kunna utföra riskvärderingar i syfte att ge beslutsunderlag för hanteringen av förorenat avfall vid utbrott i en besättning. Såväl behandling med ammoniak som kompostering fungerar bra för att ta hand om förorenat avfall på plats vid en utbrottssituation för att slippa transporter och minimerad risk för spridning i miljön, där viruset visade sig kunna överleva under långa perioder i såväl mark som vatten. Projektet är högaktuellt på nytt med pågående utbrott i Kina (april 2013), nu med en ny subtyp H7N9.

Musslor som anrikare av sjukdomsframkallande mikroorganismer och antibiotikaresistens: Musslor odlas i syfte att minska närsaltsbelastningen (fr.a. kväve) i Lysekil vid den svenska västkusten, nedströms det kommunala reningsverket. För att utnyttja näringsämnena och få ekonomi i odlingen kommer musslorna användas för konsumtion som livsmedel eller gödning av åkermark. Ett annat tänkbart användningsområde är produktion av hönsfoder. Musslorna koncentrerar inte bara näringsämnen utan även mikroorganismer, flera av dem sjukdomsframkallande. I synnerhet innebär förekomsten av tarmvirus, t.ex. norovirus (som kan ge vinterkräksjuka), en smittrisk. Vidare pågår ett arbete med musslor för biomonitorering av mikrobiologisk vattenkvalitet med särskild inriktning på antibiotikaresistens.

Gödselförorening av växande livsmedelsgröda med den zoonotiska bakterien E. Coli O157-överlevnad av bakterien på gröda och i mark: Under sommaren 2005 insjuknade 135 personer i verotoxinbildande Escherichia coli (VTEC) infektion, även benämnt som EHEC (enterohemmorragiska E. coli). Detta var det största VTEC-utbrottet som har rapporterats i Sverige. Källan till utbrottet var lokalproducerad sallat från Varberg som bevattnats med förorenat vattnet från en kanal som angränsade till sallatsodlingen. VTEC är en tarmbakterie som kan orsaka allvarlig sjukdom hos människa bl.a. i form av blodiga diarréer och njursvikt (hemolytiskt uremiskt syndrom, HUS). Särskilt utsatta är barn. Bakterien är vanligt förekommande hos nötkreatur, framför allt i sydvästra Sverige. På SVA utfördes kontrollerade försök på olika faktorers betydelse för VTEC reduktion i klimatkammare. Resultaten användes för att utforma rekommendationer för bevattning av livsmedel som konsumeras råa med avseende på vattenkvalitet och hålltid mellan sista bevattning och skörd.

Validering av hygienisk effekt av olika behandlingar av gödsel och ABP-kat 3: Ökad användning av olika bioavfall så som animaliska biprodukter (ABP) kat-3, gödsel och hushållsavfall som gödselmedel är positivt för miljön och nödvändigt för ett hållbart jordbruk. Kretslopp av bioavfall kan däremot öppna för nya smittvägar mellan människor och djur och smittspridning kan ske om inte bioavfallet genomgår en effektiv hygienisering före användning. För att öka acceptansen för användningen av bioavfall, i samhället i allmänhet och för jordbruket i synnerhet, krävs det att smittrisken är minimal för människor och djur. Projektet syftade till att fylla kunskapsluckor när det gäller tillväxt/inaktivering av mikroorganismer i bioavfall som behövs för att kunna validera effekten av olika behandlingsmetoder.


Kontaktinformation