Swedish Metabolomics Centre
Senast ändrad: 16 april 2024
Masspektrometri-baserade analyser av små molekyler, lipider och metabolomik.
Swedish Metabolomics Centre (SMC) är en samverkan mellan Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), Umeå Universitet och Chalmers Tekniska Universitet. Med metabolomik/metaboliprofilering mäts endogena småmolekyler (metaboliter) kvantitativt, globalt (icke riktad profilering) eller riktat, i biologiska system. Insamlade data analyseras i nästa steg med hjälp av statistiska-, multivariata- eller andra bioinformatikverktyg för att knytas samman med annan typ av data eller fenotypisk information. Metaboliter är viktiga komponenter i alla levande organismer. För att kunna förstå grundläggande biologiska processer, är riktade eller icke riktad profilering av metaboliter eller lipider nödvändiga. Eftersom metaboliter kan betraktas som "slutpunkter" och närmare fenotypen än t.ex. genuttrycksdata, kan metabolitdata ge biokemisk information som kan kopplas till specifika fenotyper. Denna information kan sedan användas för att koppla samman till gen-, protein- eller andra metadata i studier av biologiska processer, eller som det också har föreslagits, att identifiera biomarkörer.
I Umeå har det funnits ett masspektrometribaserat metabolomikcenter sedan 2002. År 2013 genomfördes en expansion genom ett större anslag från KAW samt med hjälp stöd av både SLU och UmU.
Swedish Metabolomics Centre har byggt upp en verksamhet och organisation som kan hantera metabolomikprover från hela Sverige. Centrat har vidareutvecklat den traditionella serviceverksamheten med ett "open access" koncept som verkar som en effektiv kunskapsspridare. Utvecklingen vid centrat sker behovsdrivet antingen genom projektförfrågningar eller genom centrets forskarinitierade programprojekt "metabolomics 2.0". Plattformen verkar som en nationell nod och är sedan år 2016 en del av SciLifeLab.
De tekniker som används vid SMC är kombinerad vätskekromatografi – masspektrometri (LC-MS) och gaskromatografi – masspektrometri (GC-MS). för att kunna mäta metabola profiler av allt från enstaka till flera tusen metaboliter. SMC har utvecklat metoder för att analysera metaboliter i ett stort antal olika typer av biologiska prover, inklusive växter, plasma, CSF, cellkulturer, vävnader mm. Chalmers funktion i centret är att utveckla verktyg för att integrera metabol nätverksmodellering i centrats serviceverksamhet.
Vid centret arbetar sex personer heltid (varav fyra är disputerade) och totalt 10 st LC/GC-MS-instrument (av vilka sju st införskaffade sedan 2010) hör till denna forskningsinfrastruktur. Centret tar emot prover från forskare från alla svenska universitet och även till viss utsträckning från industri.