Ur SLU:s kunskapsbank

Nytt redskap för analys av hästens arvsmassa

Senast ändrad: 07 november 2017
GabriellaLindgren1017b.jpg

Genetiska tester används till hästar bland annat för att begränsa ärftliga sjukdomar, möjliggöra aveln för specifika egenskaper, verifiera härstamning och för forskningsändamål. Efter det att hästens hela arvsmassa kartlagts utvecklades en första genotypningsarray för häst, det vill säga ett verktyg med vilket genetiska individskillnader kan studeras. Denna genotypningsarray har varit betydelsefull för genetiska studier på häst men tyvärr fanns vissa brister som begränsade användningen.

I ett internationellt samarbetsprojekt analyserades hela arvsmassan hos 153 hästar av 24 raser. Detta möjliggjorde utveckling av en genotypningsarray som läser av 2 miljoner genetiska markörer i arvsmassan hos häst. Den nya arrayen användes sedan för att analysera arvsmassan hos ytterligare 332 hästar av 20 raser, och utifrån dessa data designade forskarna en kostnadseffektiv array för kommersiellt bruk. Den kostnadseffektiva arrayen läser av 670 000 genetiska markörer som väl återspeglar de 2 miljoner markörerna i den större arrayen.

De genetiska verktyg som utvecklats inom projektet kommer att ha stor betydelse för framtida forskning och för vilka gentester som kan erbjudas enskilda hästägare.

Forskarna Robert Schaefer och Molly McCue, Department of Veterinary Population Medicine, University of Minnesota har lett studien som utförts tillsammans med Equine Genetic Diversity Consortium och ett flertal internationella forskare bland annat från Sveriges lantbruksuniversitet.

Forskningsnyhet från SLU, publicerad i oktober 2017

 

 
 

 

 

Länk till publikationen

https://doi.org/10.1186/s12864-017-3943-8

Referens

Robert J. Schaefer, Mikkel Schubert, Ernest Bailey, Danika L. Bannasch, Eric Barrey, Gila Kahila Bar-Gal, Gottfried Brem, Samantha A. Brooks, Ottmar Distl,Ruedi Fries, Carrie J. Finno, Vinzenz Gerber, Bianca Haase, Vidhya Jagannathan, Ted Kalbfleisch, Tosso Leeb, Gabriella Lindgren, Maria Susana Lopes, Núria Mach, Artur da Câmara Machado, James N. MacLeod, Annette McCoy, Julia Metzger, Cecilia Penedo, Sagi Polani, Stefan Rieder, Imke Tammen, Jens Tetens, Georg Thaller, Andrea Verini-Supplizi, Claire M. Wade, Barbara Wallner, Ludovic Orlando, James R. Mickelson and Molly E. McCue. Developing a 670k genotyping array to tag ~2M SNPs across 24 horse breeds. BMC Genomics (2017), 18:565