Från negativ till positiv - ny diagnostik för identifiering av etiologi vid okända virusinfektioner hos häst

Idag används ett antal olika diagnostiska verktyg för att identifiera orsaken bakom sjukdomsutbrott men trots detta förblir etiologin dvs sjukdomsorsaken i många fall okänd, särskilt när det gäller hästar som uppvisar feber och/eller olika neurologiska symtom. Därför syftar vi i detta projekt till att använda sk. virusmetagenomik för att undersöka prover från dessa hästar och försöka identifiera vilket virus som eventuellt ligger bakom sjukdomsfallet.

Virusmetagenomik är en metod som genom storskalig-sekvensering och bioinformatik simultant identifierar alla virus i ett prov utan att man i förväg behöver bestämma vilket virus man letar efter som vid traditionell virusdiagnostik. Med denna metod så kan man då även upptäcka helt nya virus. Genom att identifiera vilket, eller vilka, virus som associeras med sjukdom, så kan även den traditionella diagnostiken utökas att inkludera dessa i framtiden.

Framsteg i projektet

Under projektet så har prover från över 150 hästar samlats in, inte bara från Sverige utan även från övriga skandinaviska länderna. Dessa prover kommer från hästar med feber, med diarré samt med neurologiska symptom. Även hästar som inte uppvisar tecken på någon form av infektionssjukdom har inkluderats som jämförelse. Proverna har analyserats genom virusmetagenomik och preliminära resultat visar på förekomsten av ett flertal olika virus hos dessa hästar varav vissa uppvisar en hög divergens gentemot tidigare beskrivna virus.

Nuvarande studier pågår för att karakterisera de virus som identifierats samt för att studera deras eventuella association med sjukdom.