Projektet syftar till att identifiera potentiellt funktionella, sannolikt ofta skadliga, proteinkodande genetiska varianter hos värphöns, och beskriva deras allel- och genotypfrekvens, fördelning i genomet och söka efter potentiella kandidatvarianter som kan förklara genetiska associationer med kroppsvikt.
Identifiering av potentiellt funktionella varianter hos korsade värphöns med helgenom-sekvensdata
Mål
Projektet syftar till att identifiera potentiellt funktionella, sannolikt ofta skadliga, proteinkodande genetiska varianter hos värphöns, och beskriva deras allel- och genotypfrekvens, fördelning i genomet och söka efter potentiella kandidatvarianter som kan förklara genetiska associationer med kroppsvikt.
Bakgrund
Det är svårt att identifiera kausala varianter som påverkar egenskaper, men med allt större mängder sekvensdata och maskininlärningsmodeller som klassificerar genetiska varianters funktion är det möjligt att identifiera potentiellt funktionella varianter och beskriva deras egenskaper. Vi har tidigare identifierat regioner i genomet som är associerade med kroppsvikt i en GWAS, och vill identifiera kandidatvarianter som kan förklara dessa associationer.
Projektbeskrivning
Projektet kommer att använda MutPred2 för att klassificera missense-varianter och MutPred-LoF för att klassificera loss-of-function-varianter. De genetiska varianterna kommer från sekvensering av värphöns från två olika korsningar. Klassificeringen kommer sedan användas till att skatta identifiera potentiella kandidater för genetiska associationer med kroppsvikt.
Specifikationer
Lämpligt för: Husdjursvetenskap, Bioinformatik, eller en student inom veterinärprogrammet.
