Projektets mål är att skatta den nyliga populationshistorien hos svenska Holstein- och röda kor med hjälp av samtida genotyper från mjölkgårdar. För att kunna göra det behöver projektet också utforska populationsgenetisk struktur mellan och inom besättningar.
Skattning av populationshistoria hos svenska mjölkkor
Mål
Projektets mål är att skatta den nyliga populationshistorien hos svenska Holstein- och röda kor med hjälp av samtida genotyper från mjölkgårdar. För att kunna göra det behöver projektet också utforska populationsgenetisk struktur mellan och inom besättningar.
Bakgrund
Effektiv populationsstorlek är ett mått på en populations genetiska storlek och kan användas till att förutsäga hur snabbt populationen förlorar genetisk mångfald och ökar i inavelsgrad. Därför är det en central parameter inom populationsgenetik och bevarande av genetisk mångfald. En populations genetiska historia kan beskrivas som dess effektiva populationsstorlek över tid. I tidigare forskning har man skattat populationshistorien hos svenska kor baserat på äldre prover och på avelsprograms struktur. Frågan är hur populationshistorien ser ut med utgångspunkt från samtida kor på gårdar.
Projektbeskrivning
Projektet kommer att använda genotypdata från SLU Gigacow, SLU:s digitala nätverk för mjölkkor för att skatta populationshistorien hos Holstein och svenska röda kor, med programvaran GONE. Populationsgenetisk deskriptiv statistik och visualisering kommer att användas för att utforska populationens struktur inom och mellan besättningar, och vid behov att skapa kluster av prover. Populationsgenetisk simulering kan komma att användas för att kvalitetskontrollera resultaten. Resultaten kommer att jämföras med publicerade skattningar.
Specifikationer
Passar för: Animal Science, Bioinformatik.
