Integrerad miljöövervakning i naturekosystem (IM) är inriktat på att övervaka de ekologiska effekterna av luftföroreningar. Genom övervakningen erhålls tillförlitliga data som kan användas dels för fördjupad förståelse för ekosystemprocesser och dels i modellering och beslutsfattande. Den integrerade miljöövervakningen av ekosystem avser en samtidig mätning av de fysiska, kemiska och biologiska egenskaperna hos ett ekosystem. I praktiken betyder det att provtagning och observationer samordnas i tid och rum. De omfattande data som programmet genererar är också viktiga för att observera inverkan av klimatförändringar.
Naturvårdsverket valde under 1980-talet ut ett tjugotal områden som skulle representera olika naturtyper och där syftet var att övervaka luftföroreningar, huvudsakligen svavel och kväve. De var alla undantagna från aktiv markanvändning, detta för att effekterna av luftföroreningar skulle kunna skiljas ut från naturlig variation med så lite störningar som möjligt. I mitten av 1990-talet minskades antalet områden till fyra små, hydrologisk välavgränsade skogsavrinningsområden, som är belägna i olika delar av landets luftföroreningsgradient. Dessa fyra områden provtas fortfarande och utgör dagens integrerade miljöövervakning. Idag omfattar programmet mätningar av meteorologi, hydrologi, deposition, vegetation, markbiologi, markkemi samt mark-, grund- och avrinningsvattenkemi.
Övervakningen ingår i det internationella Integrated Monitoring-programmet, ICP IM, och utgör en viktig del av den ekosystemövervakning som krävs enligt EU:s direktiv för utsläpp av luftföroreningar (takdirektivet).