Veterinärmedicinsk klinisk genomik
Kursvärdering
Andra kursvärderingar för VM0130
Läsåret 2023/2024
Veterinärmedicinsk klinisk genomik (VM0130-30021)
2024-01-15 - 2024-03-19
Läsåret 2021/2022
Veterinärmedicinsk klinisk genomik (VM0130-30268)
2022-01-17 - 2022-03-23
Kursplan och övrig information
Kursplan
VM0130 Veterinärmedicinsk klinisk genomik, 7,5 Hp
Clinical genomics in veterinary medicineÄmnen
VeterinärmedicinUtbildningens nivå
GrundnivåModuler
Benämning | Hp | Kod |
---|---|---|
Enda modul | 7,5 | 0101 |
Fördjupning
Grundnivå, har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskravGrundnivå (G2F)
Betygsskala
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.
Språk
EngelskaFörkunskapskrav
• 60 hp veterinärmedicineller
• 60 hp husdjursvetenskap
eller
• 60 hp biologi
eller
• 60 hp medicin
eller
• 60 hp biomedicin
eller
• 60 hp bioteknologi
eller
• 60 hp djuromvårdnad
samt 4,5 hp genetik.
Undantag medges från kravet på grundläggande behörighet i svenska.
Mål
Kursen syftar till att ge kunskaper om sammansättning och funktion av husdjurens genom, samt genetiska och epigenetiska faktorers funktionella betydelse för uppkomst av sjukdomar, missbildningar och utvecklingsrubbningar.
Efter avslutad kurs ska studenten kunna
beskriva husdjurens genomstruktur och funktion samt förklara grundläggande begrepp för geners uttryck samt hur störning av geners uttryck kan öka risk för sjukdom,
beskriva epigenetiska signaturers kliniska betydelse och metoder för analys av dessa,
redogöra för olika genetiska faktorers betydelse för ärftliga sjukdomars uppkomst samt för normala egenskapers genetiska variation,
redogöra för mitokondriell nedärvning och beskriva relaterade sjukdomar,
beskriva genetiska och epigenetiska faktorer vid uppkomst av cancer,
redogöra för metoder för molekylärgenetisk diagnostik och dess implementering,
beskriva kloning, transgena djur, genmodifiering samt genterapi,
diskutera etiska aspekter kring genetik, molekylärgenetik och genmodifiering,
söka och sammanfatta vetenskapliga artiklar om veterinärmedicinsk genetik, molekylärgenetik och klinisk genomik.
Innehåll
Kursen behandlar genstruktur, kromatinstruktur, reglering av genexpression, olika typer av mutationer och kromosomförändringar, skador i DNA-sekvensen och dess reparation. Metoder för identifiering av genetiska och epigenetiska riskfaktorer samt diagnostik av dessa, inklusive klinisk sekvensering ingår. Kursen avser att ge en överblick av olika aktuella molekylärmedicinska tekniker och ge exempel på tolkningar av resultat från dessa. Kursen behandlar även kloning, transgena djur och tekniker för genmodifiering, t.ex. CRISPR/Cas9.
En introduktion till bioinformatik ges under kursen och tillhörande övningsuppgifter visar hur information om gener, genom och epigenom kan inhämtas från olika databaser. Implementering av diagnostiska tester i avelsprogram kommer också att behandlas liksom etiska aspekter relaterade till klinisk diagnostik.
Undervisningen sker i form av föreläsningar, datorövningar, gruppdiskussioner och laborationer. Datorövningar och laborationer är obligatoriska.
Betygsformer
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.Examinationsformer och fordringar för godkänd kurs
Godkänd skriftlig tentamen samt skriftlig och muntlig redovisning av laborationsdel. Godkänt deltagande i obligatoriska moment.
- Examinatorn har, om det finns skäl och är möjligt, rätt att ge en kompletteringsuppgift till den student som inte blivit godkänd på en examination.
- Om studenten har ett beslut från SLU om riktat pedagogiskt stöd på grund av funktionsnedsättning, kan examinatorn ge ett anpassat prov eller låta studenten genomföra provet på ett alternativt sätt.
- Om denna kursplan läggs ned, ska SLU besluta om övergångsbestämmelser för examination av studenter, som antagits enligt denna kursplan och ännu inte blivit godkända.
- För examination av självständigt arbete (examensarbete) gäller dessutom att examinatorn kan tillåta studenten att göra kompletteringar efter inlämningsdatum. Mer information finns i utbildningshandboken.
Övriga upplysningar
- Rätten att delta i undervisning och/eller handledning gäller endast det kurstillfälle, som studenten blivit antagen till och registrerad på.
- Om det finns särskilda skäl, har studenten rätt att delta i moment som kräver obligatorisk närvaro vid ett senare kurstillfälle. Mer information finns i utbildningshandboken.
Ytterligare information
Kursen riktar sig till såväl studerande som examinerade inom veterinärmedicin, husdjursvetenskap, biologi, medicin, biomedicin eller bioteknologi som vill fördjupa sig inom ämnet.Kursen ges på distans. Vissa föreläsningar och kurslitteratur kan vara på engelska. Förkunskapskravet om 4,5 hp genetik kan uppfyllas genom godkända kurser:
- Biomedicinsk baskurs och Populationsmedicin, eller
- Avel 1, eller
- Avel 2, eller
- Basic Animal Breeding and Genetics
Det rekommenderas att studenten har kunskap om grundläggande genetiska mekanismer (arvsmassans struktur, replikation, transkription), RNA-processning, translation, reglering av genexpression samt grundläggande epigenetiska mekanismer, grundläggande genetik och populationsgenetik.
Ansvarig institution/motsvarande
Institutionen för husdjurens biovetenskaper
Kompletterande uppgifter
Litteraturlista
Course literature
VM0130 Clinical genomics in veterinary medicine, 7.5 Credits Spring semester 2024
L1: Genome structure and function
Lamichhaney S, Fan G, Widemo F, Gunnarsson U, Thalmann DS, Hoeppner MP, Kerje S, Gustafson U, Shi C, Zhang H, Chen W, Liang X, Huang L, Wang J, Liang E, Wu Q, Lee SM, Xu X, Höglund J, Liu X, Andersson L. Structural genomic changes underlie alternative reproductive strategies in the ruff (Philomachus pugnax). Nat Genet. 2016 Jan;48(1):84-8. doi: 10.1038/ng.3430. Epub 2015 Nov 16.
L2: Transcriptome and transcriptional regulation
Tengvall K, Bergvall K, Olsson M, Ardesjö-Lundgren B, Farias F. H. G, Kierczak M, Hedhammar
Å, Lindblad-Toh K, Andersson G. Transcriptomes from German shepherd dogs reveal differences in immune activity between atopic dermatitis affected and control skin. Immunogenetics 72(5): 315- 323 (2020). doi: 10.1007/s00251-020-01169-3.
L3: Genetic diversity and polymorphism
Fages A, Hanghøj K, Khan N, Gaunitz C et al. Tracking Five Millennia of Horse Management with Extensive Ancient Genome Time Series. Cell. 2019 May 30;177(6):1419-1435.e31. doi: 10.1016/j.cell.2019.03.049. Epub 2019 May 2.
L4: Genome mapping of disease and defects
T Raudsepp, C J Finno, R R Bellone, J L Petersen. Ten years of the horse reference genome: insights into equine biology, domestication and population dynamics in the post-genome era. Review in Anim Genet. 2019 Dec;50(6):569-597. doi: 10.1111/age.12857. Epub 2019 Sep 30.
1
L5: A translocation associated with gonadal hypoplasia in cattle
Heli Venhoranta, Hubert Pausch, Michal Wysocki, Izabela Szczerbal, Reetta Hänninen, Juhani Taponen, Pekka Uimari, Krzysztof Flisikowski, Hannes Lohi, Ruedi Fries, Marek Switonski, Magnus Andersson. Ectopic KIT copy number variation underlies impaired migration of primordial germ cells associated with gonadal hypoplasia in cattle (Bos taurus). PLoS One. 2013 Sep 26;8(9):e75659.
doi: 10.1371/journal.pone.0075659. eCollection 2013.
L6: Epigenetics in disease
Feinberg AP & Levchenko A. Epigenetics as a mediator of plasticity in cancer. Science 379: 2023 Feb 10;379(6632):eaaw3835. doi: 10.1126/science.aaw3835.
L7: Clinical sequencing
Krier JB, Kalia SS, Green RC. Dialogues Clin Neurosci. Genomic sequencing in clinical practice: applications, challenges, and opportunities. 2016 Sep;18(3):299-312. doi: 10.31887/DCNS.2016.18.3/jkrier.
L8: Molecular genetic diagnostics
Ackerman L. The Future of Small Animal Veterinary Practice. Vet Clin North Am Small Anim Pract. 2023 Nov 11:S0195-5616(23)00154-7. doi: 10.1016/j.cvsm.2023.10.005.
L9: Cytogenetics
Izabela Szczerbal and Marek Switonski. Chromosome Abnormalities in Domestic Animals as Causes of Disorders of Sex Development or Impaired Fertility. Open access peer-reviewed book chapter, INTECH. Chapter 9, 2016. http://dx.doi.org/10.5772/62053.