Institutionens forskning är både grundläggande och tillämpad och har fokus på interaktioner mellan växter och svampar och andra mikrorganismer i skogs- och jordbrukssystem.

Viktiga forskningsområden är skogspatologi, jordbrukspatologi, mark-växt-mikroorganism interaktioner, mikrobiell och molekylär ekologi, jämförande genomik och biologisk bekämpning.

Interaktionerna studeras på olika skalor, från processer på ekosystemnivå som t.ex. biogeokemiska kretslopp och omsättning av kol och växtnäringsämnen, till molekylär- och cellsignalering som bidrar till genetisk reglering av interaktioner.
Epidemiologi, populationsbiologi, biologisk mångfald, utvärdering av framtida hot från växtpatogener, modellering och praktiska åtgärder för att begränsa skador av sjukdomar i skogs- och jordbruk är också viktiga aktivitetsområden.

Institutionen ingår i Uppsala BioCenter vid SLU.