Molekylär övervakning och detektion av skogliga patogener

Senast ändrad: 11 april 2017
Field-work.jpg

Detta projekt är en del av SLUs fortlöpande miljöanalys. Målet är att samla in data under en längre tid för att kunna tjäna som bas för att analysera trender och förändringar när det gäller svampskadegörare i skog.

Vi använder sporfällor för att samla in sporer från luftburna svampar och tillsammans med sk ’DNA barcoding’ för att identifiera de arter som finns i provet.

miljöanalys skog

Till vänster syns en sugande fälla där en pump driven av bilbatterier och solceller aktivt fångar sporer. I den vita tratten till höger fångas svampsporer passivt. Foto: Johanna Boberg.

Från insamlat material extraheras DNA och en artbestämning av svamparter från de olika proven utförs med massiv parallel sekvensering av ribosomalt DNA. Varje enskilt prov får en identifierings-märkning så att de kan spåras tillbaka till provtagningsplatsen. Metodiken tillåter att över en halv miljon artidentifieringar görs i en och samma analys. I samma material kan vi få information om nya skadegörare anländer till vårt land. Data ger oss en uppfattning om bakgrundsnivåer och naturlig variation. Att följa nivåerna av svamp kan också ge tidig indikation om ökad sporspridning hos viktiga skadegörare som Gremmeniella abietina.

För närvarande finns sporfällor utplacerade i Tönnersjöhedens försökspark och Grimsö forskningsstation.

Två typer av fällor prövas:

  1. Sugande fällor där en pump drivs via bilbatterier och solceller
  2. Trattfällor där svampsporer passivt sköljs ner med regn

Prover samlas in varje vecka och provtagningen startade 2012.


Kontaktinformation

Professor Jan Stenlid

Institutionen för skoglig mykologi och växtpatologi
jan.stenlid@slu.se, 018-671807

Sidansvarig: cajsa.lithell@slu.se