Bioinformatik
Detta kurstillfälle är enbart till för inresande utbytesstudenter.
Kursbeskrivning
Kursen syftar till att ge en solid bas i grundläggande bioinformatiska metoder och behandlar teorier, algoritmer och praktiska tillämpningar i datorbaserad metodik för analys av DNA/proteinsekvenser, proteinstrukturer samt data producerat av storskaliga metoder för att förstå interaktioner av olika livsmolekyler.
Behörighetskrav
60 hp inom ett av följande huvudområden: biologi, husdjursvetenskap, hippologi, djuromvårdnad, veterinärmedicin, lantbruksvetenskap, skogsbruksvetenskap, livsmedelsvetenskap, medicin, biomedicin, vårdvetenskap, biomedicinsk laboratorievetenskap, bioteknologi, datavetenskap, matematik eller kemi och
5 hp cellbiologi eller 5 hp genetik eller 5hp biokemi och
Engelska 6
Kursfakta
BK0004, Bioinformatik, 15.0 Hp
Skriv ut kursplan
Kursplan
Fastställd av: PN-VH, 2024-11-14
Giltig från och med : Hösttermin 2025 (2025-09-01)
Nivå
Avancerad nivå (A1N)
Huvudområde
Bioinformatik
Betygsskala
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.
Kursspråk
Engelska
Behörighetskrav
60 hp inom ett av följande huvudområden: biologi, husdjursvetenskap, hippologi, djuromvårdnad, veterinärmedicin, lantbruksvetenskap, skogsbruksvetenskap, livsmedelsvetenskap, medicin, biomedicin, vårdvetenskap, biomedicinsk laboratorievetenskap, bioteknologi, datavetenskap, matematik eller kemi och
5 hp cellbiologi eller 5 hp genetik eller 5hp biokemi och
Engelska 6
Mål
Kursen syftar till att ge en solid bas i grundläggande bioinformatiska metoder och behandlar teorier, algoritmer och praktiska tillämpningar i datorbaserad metodik för analys av DNA/proteinsekvenser, proteinstrukturer samt data producerat av storskaliga metoder för att förstå interaktioner av olika livsmolekyler.
Efter avslutad kurs ska studenten kunna
- redogöra för grundbegreppen inom bioinformatik,
- självständigt utföra homologianalyser av såväl protein- som DNA-sekvenser och tolka resultaten,
- använda sig av de vanligaste kommandona i Unix/Linux,
- använda sig av de vanligaste R-kommandon,
- självständigt bygga upp en bioinformatisk arbetsstation med fria programvaror anpassade till de egna behoven,
- använda biologiska databaser,
- beskriva tekniker inom "High Troughput Sequencing" (HTS eller NGS)samt metoder för analys av expressionsdata som tagits fram med RNAseq teknik,
- hantering och analys av storskaliga datamängder,
- hantera användandet av programlösningar i datorkluster och molntjänster.
Innehåll
Ämnesmässigt innehåll
Kursen behandlar bioinformatiska metoder såsom teorier, algoritmer och praktiska tillämpningar i datorbaserad metodik för analys av DNA/proteinsekvenser, proteinstrukturer, annotering av genom, metagenomik. Kursen behandlar även teorier för analys av RNAseq expressionsdata samt olika analysmetoder inom "High Troughput Sequencing" (Ibland kallad NGS).
Moment som ingår: biologiska databaser, biostatistik, homologianalyser, genanalyspaket (tyngdpunkt på fria analyspaket), webbaserade analysverktyg, Unix OS, R, komparativ genomik, funktionell genomik, metagenomik, molekylär evolution, RNAseq expressionsanalys, hantering av stora datamängder, principer för användande av datorkluster och molntjänster samt annotering av nya genom.
Genomförande
Kursen nyttjar olika undervisningsformer för att främja studenternas lärande och diskussioner genom föreläsningar, övningar, projektarbete och laborationer.
Kursen fokuserar på följande generella kompetenser
Informationskompetens, problemlösning och vetenskapliga metoder.
Följande moment är obligatoriska
Övningar och laborationer.
Examinationsformer
Godkänd skriftlig och muntlig examination. Godkänt deltagande i obligatoriska moment.
Ansvarig institution eller motsvarande
Institutionen för husdjurens biovetenskaper
Kompletterande uppgifter
Moduluppsättning
| Benämning | Hp | Kod |
|---|---|---|
| Projekt | 5.0 | 0001 |
| Tentamen | 10.0 | 0002 |
Kursen ersätter
BK0001