BK0003, Genomanalys, 15.0 Hp
Skriv ut kursplan

Kursplan

Fastställd av: PN-VH, 2024-11-14
Giltig från och med : Hösttermin 2025 (2025-09-01)

Nivå

Avancerad nivå (A1N)

Huvudområde

Bioinformatik

Betygsskala

Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.

Kursspråk

Engelska

Behörighetskrav

Mål

Kursen avser att ge fördjupad kunskap om metoder för studier av uppbyggnad och evolution av eukaryota genom. Kursinnehållet är inriktat mot genomanalys på husdjur men metoder och teori är tillämpbara på flertalet organismer.

Efter avslutad kurs ska studenten kunna

• utförligt beskriva uppbyggnad, diversitet och evolution av olika eukaryota genom och gener,
• utförligt beskriva olika typer av genetisk variation,
• utförligt förklara aktuella storskaliga metoder för analys av genetisk variation (t.ex. helgenomsekvensering) och variation av genuttryck (t.ex. RNA-seq),
• tillämpa och kritiskt bearbeta grundläggande molekylär fylogenetik-/genomik och evolutionär analys,
• i detalj beskriva transkriptomets olika typer av RNA och deras funktion,
• beskriva principer för transkriptionell reglering,
• beskriva och planera olika tillvägagångssätt för funktionell analys av gener och genom,
• sammanfatta genetisk rekombination och dess applikationer inom genomanalys,
• sammanfatta och värdera principerna för kartläggning av hela genom och jämförande genomik för att identifiera gener och loci som orsakar enkelt och kvantitativt nedärvda sjukdomar, såväl som viktiga fenotypiska egenskaper,
• förklara epigenetiska och epigenomiska markörer och metoder för analys av dessa,
• förklara innebörden och begreppen genomeditering och transgena djur,
• ställa samman data och tillämpa grundläggande statistik relevant för genomanalys,
• använda och värdera laborativa metoder inom molekylär genetik och grundläggande bioinformatisk metodik.

Innehåll

Ämnesmässigt innehåll

Innehållet bygger till stor del på genomforskning på djur. Såväl laborativ som teoretisk undervisning är till största del direkt tillämpbar även inom t.ex. human- och växtgenomik. Kursen baseras på aktuell metodik och forskning.

Datorövningar och gruppdiskussioner täcker:

• molekylär evolution och fylogenetik/-genomik,
• genetisk variation, sekvensanalys och primerdesign,
• genkartläggning och helgenomassociationsstudie (GWAS),
• analys av loci för kvantitativa egenskaper (QTL),
• helgenomsekvensering,
• epigenetik/-genomik,
• genomisk kopietalsvariation.

Målet med datorövningarna är att ge studenterna användbara verktyg för genetisk och genomisk analys. Därför används öppna och kostnadsfria mjukvaror vid datorövningarna så att studenterna kan använda sina egna datorer.

Genomförande

Kursen nyttjar olika undervisningsformer för att främja studenternas lärande och diskussioner genom föreläsningar, projektarbeten, övningar, diskussioner och laborationer.

Kursen fokuserar på följande generella kompetenser

Muntlig och skriftlig kommunikation, problemlösning och kritiskt tänkande.

Följande moment är obligatoriska

Övningar och laborationer.

Examinationsformer

Godkänd skriftlig och muntlig examination. Godkänt deltagande i obligatoriska moment.

Ansvarig institution eller motsvarande

Institutionen för husdjurens biovetenskaper

Kompletterande uppgifter

Moduluppsättning

Benämning	Hp	Kod
Laboratorieprojekt	5.0	0101
Datorövningar	3.0	0102
Gruppdiskussioner	3.0	0103
Skriftlig och muntlig examination	4.0	0104

Kursen ersätter

BK0002