CV-sida

Erik Bongcam Rudloff

erikB-R.png

Presentation

Mitt främsta intresse är att lösa Livsvetenskapliga problem med hjälp av bioinformatiska metoder. Koordinerar flera multidisciplinära projekt som involverar forskargrupper från olika delar av världen.

Dr. Erik Bongcam-Rudloff during a presentation on bioinformatics cooperation between SLU and  Africa
Dr. Erik Bongcam-Rudloff under en presentation om bioinformatiksamarbete mellan SLU och Afrika.

Undervisning

Vår grupp ansvarar för SLUs kurs i Bioinformatik 15 HP
Bioinformatik 15P Doktorand och Masters nivå

Vi har också delatagit och ansvarat i organisationen av bioinformatikkurser i Afrika, Asien, Nord och Sydamerika och i Europa.

Årlig två veckors avancerad kurs i Bioinformatik, BECA/ILRI, Nairobi, Kenya

Bioinformatikkurs i Punta Arenas, Chile

Forskning

Vår grupp jobbar med en holistisk syn på biologiska frågor, vi jobbar därför med arvsmassan från de minsta virus, bakterier, maskar upp till store genom, från växter, husdjur och människor. Vi bygger biologiska databaser för att organisera insamling av biologiska prover och utvecklar bioinformatiska vertyg för att göra analyser av de biologiska frågor som vi och andra är intresserade av.

B3Africa: The European-African Biobanks initiative

DEANN: EU-American continent NGS project

H3AfricaBionet: The Pan African Bioinformatics Network

Setaria Digitata sekvenering och annotering. I samarbete med Colombo University, SriLanka.

Korallrevmetagenomik, i samarbete med Pwani University och KEMRI i Kenya samt Mauritius University, Mauritius.

Bakgrund

Utbildning och examina

  • Dr. Medical Sciences, Uppsala universitet, 1995
  • Docentexamen SLU, 2014

Tjänster

  • Forskningsassistent Linnaeus Centre for Bioinformatics 2000-2001
  • Forskarassistent Linnaeus Centre for Bioinformatics 2000-2004
  • Forskare Linnaeus Centre for Bioinformatics 2004-2008
  • Forskare Husdjursgenetik 2008-2016

Publikationer i urval

1: Norling M, Bishop RP, Pelle R, Qi W, Henson S, Drábek EF, Tretina K, Odongo D, Mwaura S, Njoroge T, Bongcam-Rudloff E, Daubenberger CA, Silva JC. The genomes of three stocks comprising the most widely utilized live sporozoite Theileria parva vaccine exhibit very different degrees and patterns of sequence divergence. BMC Genomics. 2015 Sep 24;16:729. doi: 10.1186/s12864-015-1910-9.

2: Spjuth O, Bongcam-Rudloff E, Hernández GC, Forer L, Giovacchini M, Guimera RV, Kallio A, Korpelainen E, Kańduła MM, Krachunov M, Kreil DP, Kulev O, Łabaj PP,Lampa S, Pireddu L, Schönherr S, Siretskiy A, Vassilev D. Experiences with workflows for automating data-intensive bioinformatics. Biol Direct. 2015 Aug 19;10:43. doi: 10.1186/s13062-015-0071-8.

3: Attwood TK, Bongcam-Rudloff E, Brazas ME, Corpas M, Gaudet P, Lewitter F, Mulder N, Palagi PM, Schneider MV, van Gelder CW; GOBLET Consortium. GOBLET: the Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training. PLoS Comput Biol. 2015 Apr 9;11(4):e1004143. doi: 10.1371/journal.pcbi.1004143.eCollection 2015 Apr. Erratum in: PLoS Comput Biol. 2015 May;11(5):e1004281.

4: Almouzni G, Altucci L, Amati B, Ashley N, Baulcombe D, Beaujean N, Bock C,Bongcam-Rudloff E, Bousquet J, Braun S, Bressac-de Paillerets B, Bussemakers M,Clarke L, Conesa A, Estivill X, Fazeli A, Grgurević N, Gut I, Heijmans BT,Hermouet S, Houwing-Duistermaat J, Iacobucci I, Ilaš J, Kandimalla R,Krauss-Etschmann S, Lasko P, Lehmann S, Lindroth A, Majdič G, Marcotte E, Martinelli G, Martinet N, Meyer E, Miceli C, Mills K, Moreno-Villanueva M, Morvan G, Nickel D, Niesler B, Nowacki M, Nowak J, Ossowski S, Pelizzola M, Pochet R, Potočnik U, Radwanska M, Raes J, Rattray M, Robinson MD, Roelen B, Sauer S, Schinzer D, Slagboom E, Spector T, Stunnenberg HG, Tiligada E, Torres-Padilla ME, Tsonaka R, Van Soom A, Vidaković M, Widschwendter M. Relationship between genome and epigenome--challenges and requirements for future research. BMC Genomics. 2014 Jun 18;15:487. doi: 10.1186/1471-2164-15-487.

5: Gomez-Cabrero D, Abugessaisa I, Maier D, Teschendorff A, Merkenschlager M, Gisel A, Ballestar E, Bongcam-Rudloff E, Conesa A, Tegnér J. Data integration in the era of omics: current and future challenges. BMC Syst Biol. 2014;8 Suppl 2:I1. doi: 10.1186/1752-0509-8-S2-I1. Epub 2014 Mar 13. Review.


Kontaktinformation
Professor vid Institutionen för husdjursgenetik (HGEN); Bioinformatik
Telefon: 018-672121, 072-5355587
Postadress:
Inst för Husdjursgenetik, Box 7023
75007 UPPSALA
Besöksadress: Ulls väg 26, Uppsala

Publikationslista: