SLU-nyhet

Omikron-varianten BA.2 syntes först i avloppsvatten från Malmö och Kalmar

Publicerad: 03 februari 2022
Förekomst av varianter av SARS-CoV2 i avloppsvatten från sex städer i Sverige, från vecka 50 2021 till vecka 2 2022. Graferna visar hur delta (rött) i princip försvinner, och omikron (blått) tar över. De övriga linjerna särredovisar förekomsten av omikronvarianterna BA.1 (gult) och BA.2 (grönt). Källa: Anna Székely, SLU

Analyser av SARS-CoV2 i avloppsvatten från fyra svenska städer visade för en tid sedan att varianten omikron hade konkurrerat ut delta redan i början av januari 2022. En fördjupad analys visar nu hur omikronvarianten BA.2, som dominerar i Danmark, spred sig i Sverige under veckorna efter nyår. Städerna i den nya studien är Stockholm, Malmö, Uppsala, Örebro, Umeå och Kalmar.

SEEC, ett nyligen inrättat miljöepidemiologiskt centrum, samlar varje vecka in avloppsvattenprover från reningsverk i flera svenska städer, och analyserar förekomsten av viruset SARS-CoV2. I mitten av januari visade SEEC att varianten omikron konkurrerade ut varianten delta under veckorna efter nyår i Uppsala, Örebro, Umeå och Kalmar.

Ny detaljstudie av omikron BA.2

Nu har forskarna, som kommer från SLU och KTH, tillsammans med SciLifeLab, gjort en djupare analys av avloppsprover från vecka 49 till vecka 2 från dessa städer, och dessutom från Stockholm och Malmö. Med den metod som nu har använts, storskalig gensekvensering, går det även att se förekomsten av olika varianter av omikron.

– Då tittar man på alla mutationer i hela viruset, och inte bara 1–3 stycken som med den enklare metod vi använder normalt. Vi får alltså fram mycket mer information, säger Maja Malmberg, SLU-forskare vid SEEC.

Den nya analysen visar hur omikronvarianten BA.2, som nyligen har blivit dominerande i Danmark, spred sig i Sverige under de första veckorna i januari 2022. Det första spåret av BA.2 i avloppsvatten kom vecka 1 i Malmö, men redan under vecka 2 bestod ca hälften av virusmängden av denna variant i Malmö. Även i Kalmar hade BA.2 blivit ganska vanlig (ca 20%) under vecka 2. I Stockholm, Uppsala, Umeå och Örebro fanns tecken på BA.2 i avloppsvattnet från vecka 2, men ännu på låga nivåer.

– Resultaten visar att BA.2 snabbt tar över från BA.1 och att detta vecka 2 hade skett framför allt i Malmö, vilket inte är särskilt förvånande med tanke på den höga förekomsten av BA.2. i Danmark, säger Zeynep Cetecioglu Gurol från SEEC och KTH, som ansvarar för de analyser som rör Stockholm och Malmö.

– Vi kommer att fortsätta med storskalig sekvensering i prover från avloppsvatten, eftersom vi anser att det är ett viktigt komplement till sekvensering av kliniska prover, säger Anna Székely, SLU-forskare vid SEEC.

Den nya analysen bekräftade att omikron (BA.1) på 3–4 veckor tog över spelplanen helt på i princip alla orter.

Nya resultat från vecka 4

När det gäller förekomsten av SARS-CoV2 generellt i avloppsvattnet, som analyseras fortlöpande med den enklare metoden, ser forskarna att det handlar om mycket höga nivåer vid de senaste analyserna (vecka 4), på många platser de högsta som de har uppmätt. Men det är en blandad bild. En ökande trend ses i Uppsala, Ekerö, Tierp och Kalmar. Möjligen har halterna stabiliserats på en hög nivå i Umeå och Örebro och de verkar minska i Stockholm och Malmö.

Resultaten för den löpande granskningen av SARS-CoV2 i avloppsvatten – som avser nivåer – publiceras varje vecka på den svenska Covid-19-dataportalen. Provtagningar görs på måndagar och resultaten publiceras fredag eller lördag samma vecka. Data om olika virusvarianter kommer att redovisas månadsvis.

SEEC stöds av SciLifeLabs satsning Pandemic Laboratory Prepardness och SciLifeLabs Nationella forskningsprogram om COVID-19, finansierat av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Kontaktpersoner

Maja Malmberg, forskare
SEEC och SLU, sektionen för virologi, institutionen för biomedicin och veterinär folkhälsovetenskap
018-67 27 77, maja.malmberg@slu.se

För frågor om Stockholm och Malmö:
Zeynep Cetecioglu Gurol, universitetslektor
SEEC och Industriell bioteknologi, KTH
08-790 82 51, zeynepcg@kth.se 

Diagram

(Klicka för högupplösta diagram)

Förekomst av varianter av SARS-CoV2 i avloppsvatten från sex städer i Sverige, från vecka 50 2021 till vecka 2 2022. Graferna visar hur delta (rött) i princip försvinner, och omikron (blått) tar över. De övriga linjerna särredovisar förekomsten av omikronvarianterna BA.1 (gult) och BA.2 (grönt). Källa: Anna Székely, SLU


Kontaktinformation