Porträttfoto av Javier Vargas

Javier Vargas

Lab Manager, Avdelningen för mikrobiell ekologi
Jag är mikrobiell ekolog som studerar relationen mellan värdar och deras mikrobiota under miljöstress. Mitt arbete fokuserar på övervakning av avloppsvatten för luftvägsvirus som SARS-CoV-2, influensa A och B, RSV samt utveckling av sekvenseringsmetoder.

Presentation

Hej! Jag heter Javier Edo Varg, och mikrober är min passion @.@. Jag är en mikrobiell ekolog och laboratorieexpert med ett starkt intresse för bioteknik, miljöhälsa och vetenskapskommunikation.

Min vetenskapliga resa började i Colombia, där jag tog en kandidatexamen i mikrobiologi. Jag drogs lika mycket till både vetenskap och kreativitet, och därför läste jag även en andra kandidatexamen i design. En kombination som har format hur jag närmar mig forskning, kommunikation och visuell berättande.

Efter att ha avslutat en masterexamen i biologiska vetenskaper med fokus på mikrobiologi och bioteknik, flyttade jag till Sverige för att doktorera i djurekologi vid Uppsala universitet. Sedan dess har mitt arbete omfattat mikrobiell ekologi, värd-mikrobiom-interaktioner, molekylära labbtekniker och miljöövervakning.

Jag brinner för att koppla samman vetenskap och samhälle, vare sig det är genom fältarbete, övervakning av avloppsvatten eller att dela med mig av min forskningsresa online. Jag trivs i skärningspunkten mellan forskning och kommunikation, och är alltid nyfiken på den dolda mikrobvärlden och hur den formar livet som vi känner det.

Du kan följa mitt arbete och uppdateringar från fältet på Instagram @Javieredovarg eller via hashtaggen #VargPhD.

Forskning

Min forskning fokuserar på hur miljöstressorer (såsom föroreningar, mikroplaster och patogener) förändrar mikrobiotan hos värdorganismer och det omgivande ekosystemet. Jag använder olika modellorganismer, inklusive ryggradslösa djur och fiskar, för att förstå hur dessa mikrobiella förändringar påverkar värdens beteende, hälsa och ekologiska interaktioner.

Förutom laboratorie- och mesokosmtförsök arbetar jag även aktivt med avloppsvatten som en proxy för att bedöma mikrobiella och virala dynamiker på populationsnivå. Detta inkluderar att utvärdera hur mikrobiella samhällen i avloppsvatten speglar bredare miljö- och folkhälsomässiga förändringar.

Miljöanalys

På Swedish Environmental Epidemiology Center (SEEC) och SLU är jag involverad i det nationella övervakningsprogrammet för avloppsvatten av SARS-CoV-2, Influensa A och B samt RSV. Detta arbete stödjer folkhälsan genom tidig upptäckt och övervakning av virusutbredning i hela Sverige. Veckodata publiceras på https://www.pathogens.se

Jag är också delaktig i utveckling och optimering av viral sekvenseringsmetodik för avloppsvattenprover med flera plattformar.

-MiSeq (Illumina): Bibliotek förbereds med Illuminas COVIDSeq Assay eller iMAP-kit. Prover amplifieras med arctic-sars-cov2/400/v5.4.2 primerpaneler.
-NextSeq (Illumina): Liknande amplifikationsprotokoll som MiSeq, med sekvensering utförd med High Output Kit v2. Används för utökad veckovis sekvenseringsövervakning.
-Vi har även använt Ion Torrent (Thermo Fisher), men denna sekvensering utfördes vid National Genomics Infrastructure (NGI), SciLifeLab, Uppsala.
-Nanopore (Oxford Nanopore Technologies): Pågående utveckling av arbetsflöde i samarbete med Klinisk mikrobiologi och sjukhushygien.

Undervisning

Min undervisningserfarenhet omfattar både laborativ och teoretisk undervisning i mikrobiologi, molekylärbiologi och ekologi. Jag har bidragit till kandidat- och avancerade kurser vid flera institutioner i Sverige och Colombia, inklusive:

  • Cellular and Molecular Biology of Prokaryotes – Universidad de Los Andes
  • Cellular Biology – Universidad de Los Andes
  • Erken CAMP: Field and Lab Techniques (Erken field station) – Uppsala universitet
  • Ecology – Uppsala universitet
  • Ecology and Population Genetics – Uppsala universitet
  • Molecular and Microbial Ecology – Sveriges lantbruksuniversitet (SLU)
  • Molecular Methods in Microbial Ecology: From Theory to Application – SLU

Jag uppmuntrar praktiskt lärande, kritiskt tänkande och nyfikenhetsdriven utforskning både i fält och laboratorium. Jag handleder även studenter under praktik och forskarutbildning och stödjer deras utveckling som unga forskare.

Selected publications

-Early detection of the emerging SARS-CoV-2 BA. 2.86 lineage through integrated genomic surveillance of wastewater and COVID-19 cases in Sweden, weeks 31 to 38 2023

Authors: Carmen Espinosa-Gongora, Carlo Berg, Moa Rehn, Javier Edo Varg, Lena Dillner, Neus Latorre-Margalef, Anna J. Székely, Emmi Andersson, Elin Movert

Publication Date: 
2023/11/16

Journal: 
Eurosurveillance

Volume: 
28

Issue: 
46

Pages: 
2300595

Description: 
The SARS-CoV-2 BA.2.86 Omicron subvariant was first detected in wastewater in Sweden in week 31 2023, using 21 highly specific markers from the 50 investigated. We report BA.2.86's introduction and subsequent spread to all 14 regions performing wastewater sampling, and on 70 confirmed COVID-19 cases, along with the emergence of sublineages JN.1 and JN.2. Further, we investigated two novel mutations defining the unique BA.2.86 branching in Sweden. Our integrated approach enabled variant tracking, offering evidence for well-informed public health interventions.

-Microplastic exposure across trophic levels: effects on the host–microbiota of freshwater organisms

Authors: Javier Edo Varg, David Outomuro, Warren Kunce, Lukas Kuehrer, Richard Svanbäck & Frank Johansson

Publication Date: 
2022

Journal: 
Environmental Microbiome

Volume: 
17

Issue: 
36

Description: 
Background 
Microplastics are a pervasive pollutant widespread in the sea and freshwater from anthropogenic sources, and together with the presence of pesticides, they can have physical and chemical effects on aquatic organisms and on their microbiota. Few studies have explored the combined effects of microplastics and pesticides on the host–microbiome, and more importantly, the effects across multiple trophic levels. In this work, we studied the effects of exposure to microplastics and the pesticide deltamethrin on the diversity and abundance of the host–microbiome across a three-level food chain: daphnids–damselfly–dragonflies. Daphnids were the only organism exposed to 1 µm microplastic beads, and they were fed to damselfly larvae. Those damselfly larvae were exposed to deltamethrin and then fed to the dragonfly larvae. The microbiotas of the daphnids, damselflies, and dragonflies were analyzed …

-Single and combined effects of microplastics, pyrethroid and food resources on the life-history traits and microbiome of Chironomus riparius

Authors: Javier Edo Varg, Warren Kunce, David Outomuro, Richard Svanbäck, Frank Johansson

Publication Date: 
2021/11/15

Journal: 
Environmental Pollution

Volume: 
289

Issue: 
117848

Publisher: 
Elsevier

Description: 
There is growing evidence of widespread contamination of freshwater ecosystems with microplastics. However, the effects of chronic microplastic ingestion and its interaction with other pollutants and stress factors on the life-history traits and the host-microbiome of aquatic invertebrates are not well understood. This study investigates the effects of exposure to sediment spiked with 1 μm polystyrene-based latex microplastic spheres, an environmentally realistic concentration of a pyrethroid pesticide (esfenvalerate), and a combination of both treatments on the life-history traits of the benthic-dwelling invertebrate, Chironomus riparius, and its microbial community. The chironomid larvae were also exposed to two food conditions: abundant or limited food in the sediment, monitored for 28 and 34 days respectively. The microplastics and esfenvalerate had negative effects on adult emergence and survival, and these effects …

-Field evidence for colour mimicry overshadowing morphological mimicry

Authors: Alberto Corral‐Lopez, Javier Edo Varg, Yiselle P. Cano‐Cobos, Rafael Losada, Emilio Realpe, David Outomuro

Publication Date: 
2021/03

Journal: 
Journal of Animal Ecology

Volume: 
90

Issue: 
3

Pages: 
698–709

Description: 
Imperfect mimicry may be maintained when the various components of an aposematic signal have different salience for predators. Experimental laboratory studies provide robust evidence for this phenomenon. Yet, evidence from natural settings remains scarce. 
We studied how natural bird predators assess multiple features in a multicomponent aposematic signal in the Neotropical 'clear wing complex' mimicry ring, dominated by glasswing butterflies. 
We evaluated two components of the aposematic signal, wing colouration and wing morphology, in a predation experiment based on artificial replicas of glasswing butterflies (model) and Polythoridae damselflies (mimics) in their natural habitat. We also studied the extent of the color aposematic signal in the local insect community. Finally, we inspected the nanostructures responsible for this convergent color signal, expected to highly differ between these …

-Encapsulation and immobilization of the S-layer protein of Lysinibacillus sphaericus in an alginate matrix for chromium adsorption

Authors: Javier Edo Varg, Jenny Dussán

Publication Date: 
2017/01/01

Journal: 
International Biodeterioration & Biodegradation

Volume: 
116

Pages: 
141–146

Publisher: 
Elsevier

Description: 
The S-layer proteins from several species of the Bacillaceae family, as well as the living biomass itself, have the capacity to accumulate toxic metal ions. More specifically, the adsorption of chromium is caused by protein biological activity, periplasmic biosorption and intracellular bioaccumulation mechanisms. This study was conducted to determine the chromium adsorption capacity of the S-layer protein of Lysinibacillus sphaericus and L. sphaericus strains. To enhance stability and efficiency, the S-layer protein was immobilized by entrapment in an alginate matrix, with the purpose of comparing the adsorption efficiency of the immobilized protein and the biomass. The immobilized S-layer protein adsorbed 44.33% of the total chromium (VI) (200 mg l−1) in the sample, while the non-immobilized treatments retained less than 30% of the dissolved metal. Our results show that, the S-layer protein may be considered …

 

Relaterade länkar