Dataleveranser till datavärdskapet

Senast ändrad: 13 oktober 2017

I datavärdskapet för sjöar och vattendrag ingår att lagra, kvalitets­kontrollera och tillgängliggöra nationella och regionala vattenkemiska och biologiska data, inklusive recipientkontrolldata (SRK), samt vatten­kemiska data från Kalkeffektuppföljningen.

Data skall i första hand skickas in enligt  leveransmallarna nedan. Leveranser i andra format måste i förhand avtalas med oss (se kontaktuppgifter nedan).

Biologiska data skall följa den namngivning och de id-beteckningar som används av ArtDatabankens Dyntaxa och Dyntaxas Taxon-ID skall ingå i leveransen för att säkerställa att det är rätt taxon som används (saknas ID i Dyntaxa används -99). Använd vid behov Dyntaxa:s matchningsfunktion före leverans för att säkerställa att beteckningarna är korrekta. Datavärdskapet ansvarar för att göra en leveranskontroll inkl en rimlighetsbedömning, men det är dataleverantören som ansvarar för att leveransen är kvalitetssäkrad

För att säkerställa att kiselalgsleveranser (bentiska påväxtalger) följer den senaste svenska nomenklaturen så kan en excelfil laddas ner med den senaste versionen av taxalistan. En online-version av taxalistan, samt även excellistan finns även under Innehållsflikens indexberäkningar på Miljödata-MVM.

För leveranser av data som inte ryms inom nedanstående datatyper hänvisas till Naturvårdsverkets förteckning över nationella datavärdar.

  OBS! Flera av mallarna kommer att revideras under 2017, så vänligen se till att den senaste versionen laddas ner inför en leverans

 

 

 

Datatyp
Sjöar
Vattendrag
Anmärkningar
Vattenkemi v2.0.2 (20150203)  Feb 2015 - Smärre justeringar samt några nya och förändrade parametrar
Vattenkemi - Kalkeffektuppföljn. Vänligen använd den vanliga vattenkemi-mallen ovan
Växtplankton v2.1.0 (20151218)   Smärre justering
Påväxtalger (bentiska kiselalger)   v2.0 (20151218)
Större justeringar med bl a anpassningar till övriga mallar, kräver "långa och smala  dataset"
Djurplankton     Kommer under hösten 2016
Makrofyter (högre vegetation) v1.3.0 (20151016) –* Anpassad till den reviderade undersökningstypen
Bottenfauna - Kvalitativa och semikvantitativa prov v1.1.0 (20151218)  Smärre justering
Bottenfauna - Kvantitativa prov v1.1.0 (20151218)
   Smärre justering

* Ingår för närvarande inte i datavärdskapet

Statuslista för dataleveranser

Förteckning över var i processen olika dataleveranser var 2017-10-12

OBS! Leveransfilernas originalnamn har vanligen bytts ut för att vi skall kunna hålla systematisk ordning på dem.

Vanliga frågor – FAQ

SAKNADE OBLIGATORISKA UPPGIFTER

Fråga: Hur gör man om man saknar en obligatorisk uppgift? Kan dessa resultat inte inrapporteras?
Svar: Jo, ange "-99" som värde och förklara varför i kolumnen "ANALYSKOMMENTAR".

 

TAXON NAMN

Fråga: I artlistorna kan man ibland ha två artnamn att välja på. Detta betyder att det är en av de två arterna, men att det inte går att avgöra utan att göra elektronmikroskopi, hur gör vi då? Värdefull information går ju förlorad om vi bara skriver sp.
Svar: Ange den alternativa arten i kolumnen "Analyskommentarer", så finns uppgifterna tillgängliga. Den angivna arten skall då flaggas med "cf" för att markera att viss osäkerhet finns.

Fråga: Har för mig att jag läst någonstans att databasen ska vara "flytande" dvs att äldre artnamn får samma taxonid som det nuvarande artnamnet, är det rätt? Jag arbetar med att överföra äldre växtplanktondata till databasen och ett problem är när enbart släktnamnet anges (några exempel är släktet Melosira där många arter bytte namn till Aulacoseria, släktet Synedra som delvis bytt namn till Fragilaria).  När det i de äldre datalistorna står "Melosira sp" tycker jag att det borde rapporteras som "Aulacoseira sp" (Melosirasläktet finns ju fortfarande kvar men det är med största sannolikhet inte det släktet som avses). Hur ska jag göra i de här fallen, ändra släktnamnet och infoga en kommentar någonstans eller skriva in det släktnamn som anges i originalet? Min personliga uppfattning är att släktnamnet ska ändras i de fall där det går att utläsa ur artlistor av senare datum (givetvis från samma sjö) att det är det nyare släktnamnet som avses. Den här frågan är naturligtvis inte lätt att ge ett entydigt svar på men vi bör nog komma överens om hur man ska göra i dessa fall. Rapportering av det äldre släktnamnet, t ex Melosira, innebär troligtvis att det blir "fel" släkte som anges i databasen.
Svar: Artlistorna kommer i viss mån att vara "flytande" till en början när äldre data skall inrapporteras. I dessa fall måste det bli fråga om någon sorts expertbedömning som leverantören svarar för (eller leverantörens expert) för att undvika felklassningar. För att det i alla fall skall finnas en möjlighet att kunna korrigera om ny information skulle dyka upp som är det viktigt att skriva in originaluppgiften i kommentarsfältet.

Fråga: Vi har ett problem med "Tabellaria fenestrata var asterionelloides" som inte finns i Dyntaxa utan där kallas "Tabellaria flocculosa var. Asterionelloides" hur gör vi då, skriver "-99" och gör en anmärkning i "ANALYSKOMMENTAR"?
Svar: Ja, det är rätt sätt att ange att taxonid och/eller taxon namn inte överensstämmer. Det aktuella taxonet kontrolleras då manuellt gentemot DynTaxa och antingen förs den in som en synonym, rättas om det är något fel i Dyntaxa eller så förs den in som ett nytt taxon.

Fråga: Auktorsbeteckningen finns inte med i "TAXON NAMN" enligt exemplet även om den hör dit? Borde dock vara lämpligare att lägga den i en separat kolumn så får man taxonnamnet renare? Auktorn kan ju skrivas på så många olika sätt; med eller utan primus auctor, med eller utan namnförkortningar, med eller utan verkreferens, med eller utan årtal. Jämför: "Kom.&Ana." mot "(Linné 1768) Komárek et Anagnostídis in Komárek 1986" (påhittat exempel).
Svar: Auktorsbeteckningarna skall finnas i Dyntaxa och just på grund av de många möjligheterna till stavningar och förkortningar är det att föredra att denna typ av uppgifter endast finns på ett ställe. Det viktiga i vår hantering av biologiska data är att taxonid:et är korrekt. All övrig taxonomisk hantering inklusive synonyma och historiska namn, samt auktorsbeteckningarna hålls aktuella och konsistenta i Dyntaxa.

Fråga: Vad betyder egentligen förkortningarna sp., spp, cf. och sl, och vad står de för?
Svar: Se tabellen nedan.

Förkortning Utläsning Betydelse
sp. species (sing.) En art som inte kan specificeras inom angivet släkte
spp. species (plur.) Flera arter som inte kan särskiljas anges under detta släkte
cf. confer Liknar angivet taxon, men bestämningen är osäker
s.l. sensu lato I vidare bemärkelse,  t ex grupp av liknande taxa som inte kan särskiljas med exvis den aktuella metoden

 

STORLEKSKLASS

Fråga: Vad är SIZREF?!
Svar: Det är en rest från ursprungsmallen som är SMHI:s mall för marina växtplankton. Begreppet har tagits bort i mallen för limniska växtplankton.

Fråga: Om det står ø = 3-6 µm, hur ska det då föras in i cellen, bara som 3-6?
Svar: Leveransmallen har gjorts om och storleksintervallet anges nu i två kolumner. "STORLEK_MIN" och "STORLEK_MAX". Om det endast är fråga om en storlek och inget intervall, anges storleken i båda kolumnerna. 

 

TÄTHET (celler/l)

Fråga: Denna uppgift finns inte angiven i våra rapporter. Att ta reda på det skulle vara väldigt arbetskrävande, hur gör vi med det?
Svar: Ange "-99" som värde och förklara i kolumnen "ANALYSKOMMENTAR".

 

KVALITATIVA PROV

Fråga: Hur skall vi ange kvalitativa prov? Vårt analyserade material består på senare tid av artlistor med en uppskattning på frekvens i form av en siffra (1-3, ibland 1-4) och av en artlista med biomassa på vanliga arter. Längre bak i tiden (70-80 tal) så finns inte biomassa med utan bara denna skattning av frekvens. Här kan man inte heller lägga in obligatoriska uppgifter på t ex täthet eller biovolym eftersom de uppgifterna inte finns. Materialet är ändå mycket intressant då det i många fall är samma taxonom som utfört analyserna i många år. Finns det möjlighet att lägga till en kolumn för skattad frekvens 1-3 eller 1-5?
Svar: En kolumn "KVAL_FREKV" har införts för inrapportering av uppskattade frekvenser i kvalitativa prov. OBS! De uppskattade frekvenserna måste knytas till en metodbeskrivning för att klargöra vad de olika frekvenserna motsvarar. Om metoden inte är allmänt känd skall en beskrivning i pdf-format bifogas leveransen (flera prov kan sedan vara kopplade till den gemensamma beskrivningen som endast behöver levereras en gång).

 

ANALYSLABORATORIUM

Fråga: Det saknas koder för några av våra analyslaboratorier hur gör vi?
Svar: Ange det aktuella laboratoriet e dyl i klartext. Kod kan sedan införas i senare versioner av leveransmallen.

Fråga: I leveransmallen efterfrågas både "ANALYSLABORATORIUM" och "TAXONOM", varför?
Svar: Uppgifter om analyserande laboratorium är en obligatorisk och viktigt ursprungsmärkning av analysresultatet eftersom det är laboratoriet som är ansvarig för kvalitetssäkringen av resultatet. Namnet på den toxonom som ansvarat för den enskilda analysen får gärna anges för fullständighetens skull, men taxonomens namn kommer inte att publiceras via hemsidan/webbapplikationen i samband med datasök/-uttag. Samtliga i leveransfilen angivna uppgifter kommer dock att finnas tillgängliga över internet via originalfilerna.

 

KVALITETSFRÅGOR

Fråga: Med tanke på SWEDAC:s ökande krav på mätosäkerhetsuppgifter på resultaten borde väl någon form av mätosäkerhetsmått finnas med, om än frivilligt? Exempelvis bredden på det 95%-iga konfidensintervallet som används av t ex HELCOM (Datavärdens anm: HELCOM:s manual för marina växtplankton).
Svar: Ett statistiskt osäkerhetsmått som endast återger en begränsad del av den totala osäkerheten i resultaten från en planktonanalys av den verkliga planktontätheten i den aktuella sjön vid det aktuella tillfället riskerar att invagga användaren i en falsk trygghet. Tillsvidare kommer därför inget osäkerhetsmått anges. Det föreslagna måttet som baseras på antalet räknade exemplar av ett visst taxon kan lätt beräknas i databasen om det blir aktuellt, förutsatt att denna uppgift finns angiven.

Fråga: Eventuellt skulle uppgifter om faskontrast, interferenskontrast etc. kunna behövas om man vill utvärdera rimligheten i en artbestämning.
Svar:  En kolumn för införande av mikroskoptyp infogas i uppdaterad version av leveransmallen. Dessutom kommer från och med nu uppgift om provtagartyp att bli obligatoriskt vid en dataleverans för att säkerställa att väsentlig information som kan påverka kvaliteten på analysresultaten alltid kommer med vid en leverans.

 

FRÅGOR AV ALLMÄN KARAKTÄR

Fråga: Kanske behövs analysdatum? Vet dock inte hur det skulle vara relevant.
Svar: Tillsvidare kommer inte uppgift om analysdatum att läggas in i databasen, då det är utförande laboratoriums ansvar att se till att analysen sker inom provets hållbarhetstid (beror bland annat på konserveringsmetod och hur provet förvaras). Denna typ av uppgifter kan dock läggas till av dataleverantören i kolumnerna längst till höger i fliken "DATALEVERANS". Uppgifterna kommer inte att föras in i databasen, men kommer att finnas allmänt tillgängliga via internet i originalfilen.

Fråga: Ifall TPI eller andra index m.m. har beräknats på provet, borde inte de lagras i någon form med provet? Beräkningsgrunderna kan ju modifieras i framtiden och då finns väl ett visst värde i att veta hur resultaten rapporterades ursprungligen?
Svar: Olika relevanta index, samt klassningar av ekologisk status kommer att ske automatiserat i databasen/webbapplikationen i både aktuella och utgångna versioner (valbart), varför denna uppgift inte kommer att lagras in från dataleveransen. ). Denna typ av uppgifter kan dock läggas till av dataleverantören i kolumnerna längst till höger i fliken "DATALEVERANS". Uppgifterna kommer inte att föras in i databasen, men kommer att finnas allmänt tillgängliga via internet i originalfilen. 

Fakta:

Hantering av uppgifter enligt PuL

De personuppgifter i form av namn och organisationstillhörighet för provtagare (namnet är frivillig uppgift) och taxonom (namn obligatorisk uppgift) som begärs in via leveransmallarna kommer inte att göras tillgängliga via internet. Dessa uppgifter sparas endast i databasen för att vid behov kunna tas ut manuellt, t ex vid kvalitetskontroller. Uppgifterna avses inte spridas vidare utan att de som har fått sina uppgifter registrerade på förhand blir informerade.


Kontaktinformation
Sidansvarig: Lars.Sonesten@slu.se