Abu Bakar Siddique

Abu är bioinformatiker på SLUBI, en infrastruktur som ger stöd och utbildning i bioinformatik för forskare vid SLU.

Bakgrund

• Sedan juni 2023: Bioinformatiker vid SLU Bioinformatik Infrastructure (SLUBI), Institutionen för växtbiologi, NJ-fakulteten, Sveriges lantbruksuniversitet, Uppsala, Sverige
• 2022–2023: Forskningsingenjör of SLU Bioinformatik Infrastructure(SLUBI), Institutionen för växtbiologi, NJ-fakulteten, Sveriges lantbruksuniversitet, Uppsala, Sverige
• 2022–2023: Förste forskningsingenjör, Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap (EMG), Umeå Universitet, Umeå, Sverige
• 2020–2021: Postdoktor (Forskare), Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap (EMG), Umeå Universitet, Umeå, Sverige
• 2018–2019: Mobilitet Postdoktor (Forskare), Institutionen för virologi, Institutet för växtmolekylärbiologi, Biologiskt centrum CAS, Ceske Budejovice, Tjeckien
• 2013–2017: Doktorand, Institutet för botanik och landskapsekologi, Ernst-Moritz-Arndt universitet (Greifswalds universitet), Greifswald, Tyskland
• 2012–2013: Forskningsassistent, Institutionen för växtfysiologi, UPSC, Umeå Universitet, Sverige

Metabarkodning
Metagenomik
Metatranscriptomik
Mykobiom
Miljö-DNA (eDNA)

• Analys av RNA-Seq-data för högkapacitetssekvensering (doktorandkurs)
• Genomövergripande prediktioner inom avel: genotyp-fenotypassociationer och genomiskt urval (doktorandkurs)
• Datahantering och högkvalitativa illustrationer för publikationer (doktorandkurs)
• Multiomikanalyser av mikrobiella samhällen (doktorandkurs)
• SLUBI-SIDA (Forskarekurs)

• Doktorsexamen (Dr.rer.nat.), Molekylär ekologi, 2017, Greifswalds universitet, Tyskland.
• Masterexamen i ekologi, 2013, Umeå universitet, Sverige.
• Masterexamen i växtpatologi, 2010, Sher-e-Bangla lantbruksuniversitet, Bangladesh.
• Kandidatexamen i lantbruksvetenskap (Hons), 2008, Sher-e-Bangla lantbruksuniversitet, Bangladesh.

Jonaid Hossain (praktikant, mentor, 2022)
Khan R Salehin (praktikant, bihandledare, 2021)
Abu Bakar Siddique (masteruppsats, bihandledare, 2021)
Anis Mahmud Khokon (magisteruppsats, bihandledare, 2016)

2026

• Kong Z.H., Stangl M., Oester R., Rehnstam S., Futter M., Siddique A.B., Bundschuh M., Mckie B., 2026. Medical facemask waste alters detritus decomposition and fungal communities in a freshwater pond. Scientific Reports (Accepted)

2025

• Sullivan, A.R., Karlsson, E., Svensson, D., Brindefalk, B., Villegas, J.A., Mikko, A., Bellieny, D., Siddique, A.B., Johansson, A.M., Grahn, H., Sundell, D., ... & Stenberg, P., 2025.
• Airborne eDNA captures three decades of ecosystem biodiversity. Nature Communications. 16, 11281 (2025). https://doi.org/10.1038/s41467-025-67676-7
• Puthanveed, V., Sajeevan, R.S., Siddique, A.B., Alexandersson, E., Joshi, P., Snell, P., Lennefors, B.L. and Kvarnheden, A., 2025. Transcriptomic responses of beet to infection by beet mild yellowing virus. BMC Plant Biology, 25(1), pp.1-17. https://doi.org/10.1186/s12870-025-07514-6
• Bengtsson, F., Cronberg, N., Lozano Villegas, J.A., Siddique, A.B., Stenberg, P. and Ekroos, J., 2025. Rapid shifts in bryophyte phenology revealed by airborne eDNA. Journal of Ecology. https://doi.org/10.1111/1365-2745.70180

For more on the publication list