Tytti Vanhala

Jag har jobbat i labbet sedan 1993, så kan göra allt möjligt - även saker som är gammaldags. 

Innan jag började som BMA i SLU har jag jobbat utomlands; Finland, Nederländerna och Skottland. Här kommer en kort presentation av mitt liv innan SLU:

MSc inom genetik från Uleåborg, Finland, 1997 (MSc avhandling i populationsgenetik hos höns). PhD inom växtförädling från Wageningen, Nederländerna, 2004 (doktorsavhandling i populations och kvantitativgenetik hos vildkorn). Postdoc i Edinburgh universitet, Skottland, 2001 - 2005 (Charlesworth grupp - molekylärpopulationsgenetik hos Antirrhinum och Silene). Forskare i Forest Research, Forestry Commission, Roslin, UK, 2006 - 2012 (landskapsgenetik plus mycket annat, även ekologi). Frilansare inom genetik i Sverige 2012 - 2019 (Linköping universitet och SLU). 

Jag kan göra allt i labbet, men vad jag nuförtiden vanligtvis gör är: DNA och RNA extraktioner från alla möjliga vävnader (per hand eller QiaSymphony roboten), kvantitets och kvalitetskontroller (Nanodrop, AccuBlue, Qubit, Tapestation), PCR eller realtidsPCR (fragment PCR, Taqman, cDNA, uttrycksanalys), Sanger sekvensering, SNP genotypering (Axiom array plattor - GeneTitan). 

Om det behövs (och om jag hinner) kan jag också hjälpa till med analyser efter labb arbete. 

Vad jag har jobbat med tidigare: 

Populationsgenetik hos höns med SSR. Första populationsgenetisk studie med SSR hos olika hönsraser. Geler körda med ALF.  

Upptäckt nya mikrosatelliter hos höns på gammaldagsvis (det var 1995/6). 

Projekt med vildkorn: populationsgenetik (AFLP), genetisk karta (AFLP och SSR), associationsnanalys av tillväxthastighetsrelaterade egenskaper och kvantitativgenetik av dvala. Använd först radioaktiva, och då LiCor PAGE geler. 

Projektet med lejongap (Antirrhinum) var att sekvensera (då skickade vi iväg för Sanger sekvensering) olika vilda arter och analysera gener för blomningstid. 

Byggandet av genombibliotek för campion (Silene) och då analysering av sekvenser. Det här också på gammaldagsvis. 

Arbete inom Forest Research i Roslin: 

Landskapsgenetik hos skogssyrsor och skogsmyror; skapade projektet enlig förfrågan från Forestry Commission, gjorde fältarbete på Isle of Wight (syrsor) och Skottland (myror), labb arbete (SSR, LiCor), analys och artikel i samband med landskapsekolog. 

Ekologisk experiment med asp; skapade projektet och utförde det. Syftet var att få asp att blomma i Skottland, vilket det gör inte vanligtvis pga klimat. Till slut blommade de... 

Analyshjälp för projekter inom ekologi; årliga analyser från fjärilreservat och analyser av enbärshabitat. 

Artbestämning från scats; DNA extraktion från flera tusentals av avföring från Skottland och då realtidsPCR (Taqman) för att se om det var räv eller mård som hade bajsat i skogen. Upptäckte att ekologer som samlat avföringar var inte särskilt bra på att bestämma rätt art. 

Frilansare i Sverige:

Arbete i Linköping universitet: RNA och uttrycksarbete med gråärtor (blomningstid relaterad), arbete med forntida DNA (korn, proteinhalt relaterad).

Arbete i Ekologicentrum, SLU; DNA extrahering av tusentals insekter, PCR med dem och prep för Illumina sekvensering.