Postdoktor, bioinformatik med fokus på vommen

Institutionen för husdjurens biovetenskaper

Vi söker en postdoktor för att arbeta vid Seydlitzlaboratoriet för datadriven mjölk- och foderforskning

Om jobbet

Forskare på institutionen har tidigare arbetat med vomprover ifrån boskap i Sydafrika och Etiopien från regn- respektive torrperiod. Samtidigt har nya samarbeten med Växa Sverige och det globala metangenetikinitiativet skapat behov av att behandla vomprover tagna i Sverige. Tjänsten kommer att innebära ansvar för att slutföra arbetet med utländska vomprover och hantera nya svenska prover från besättningar där även metangasutsläpp från kornas mule mäts.

Arbetet handlar därför om att bygga vidare på redan befintlig kunskap där mikrobiom vid torka och regnperiod sekvenserats med Nanopore och hjälpa till med insamling och analys av nya data som kommer hanteras med 16s sekvensering. Arbetsuppgifter som arbetet kommer omfatta är att:

1. Slutföra analays av hur förändringar av mikrobiomet vid torka påverkar kors fodereffektivitet.
2. Initiera och delta i samarbeten för att samla mikrobiomprover som kan komplettera de prover som tas inom det globala metangenetikinitiativet.
3. Bidra till metodutveckling och analys av de prover som samlas för forskning på metangasutsläpp och fodereffektivitet.

Seydlitzlaboratoriet för datadriven mjölk- och foderforskning är en del av institutionen för Husdjurens biotvetenskaper och finansieras av Stiftelsen Seydlitz MP bolagen i syfte att stödja svenskt lantbruk. Målet är att strukturera och nyttligandegöra de dataflöden som skapas inom det digitaliserade jordbruket. Maskininlärning är en grundbult för en stor del av vår lantbruksforskning men populariseringen av Articifiell Intelligens (AI) och nya standarder för datautbyte inom lantbruket skapar nya förutsättningar för att fusionera data mellan system. Som Seydlitzforskare har du en viktig roll att planera och strukturera de dataflöden som kan ligga till grund för framtidens lantbruksforskning. Under anställningen kommer du att få utrymme för egen vidareutbildning och meritering. Du förväntas även att söka medel för att etablera självständig forskning inom sektorn för att nyttliggandegöra de data och modeller som du utvecklar som Seydlitzforskare.

Din bakgrund 

I enlighet med svenska regler för anställning av postdoktorala forskare skall den sökande inneha en doktorsexamen som inte är äldre än tre år om inte särskilda skäl föreligger. Du bör kunna arbeta självständigt och bedriva akademisk forskning med fokus på vommikrobiomet.

Nödvändiga kvalifikationer:

• Dokumenterad erfarenhet av bioinformatisk analys av sekvenseringsdata
• God förståelse för hur preanalytiska och laboratoriemetoder kan påverka datakvaliteten
• Erfarenhet av att hantera, sammanställa och visualisera data
• Goda kunskaper i bioinformatik inom metagenomik och storskalig sekvensering (NGS)
• Dokumenterad erfarenhet av sekvenseringsdataanalys med relevanta programmeringsspråk (t.ex. Python, R)
• Kunskap om att arbeta i en Linux-miljö och på HPC-system
• Förmåga att hantera och prioritera uppgifter effektivt
• Förmåga att snabbt lära sig nya färdigheter
• Förmåga att självständigt identifiera och lösa problem under dataanalys

Utöver de kvalifikationer som anges ovan värdesätter vi tidigare erfarenhet av metodutveckling och utveckling av analysverktyg

Vi söker någon som är utåtriktad, proaktiv, ansvarsfull, noggrann och bekväm med att arbeta både självständigt och i team. Tillsammans med andra forskare bör du kunna planera för framtida jordbruksforskning och kunna leda projekt där nya dataflöden integreras i SLU:s infrastruktur för kodata, Gigacow.

Språk: Den sökande skall kunna skriva och kommunicera på engelska, kunskaper i svenska är meriterande.

Anställningen erbjuds den som efter en kvalitativ helhetsbedömning anses ha de bästa förutsättningarna att genomföra och utveckla aktuella arbetsuppgifter samt bidra till en positiv utveckling av verksamheten.

Om oss

Som postdoktor vid Seydlitzlaboratoriet kommer du att arbeta på forskargruppen för kvantitativ genetik som är en del av institutionen för husdjurens biovetenskaper. Inom forskargruppen arbetar vi mycket med genomisk selektion och kvantitativa modeller för genetik. SLUs infrastruktur för kodata, Gigacow är en fakultetsgemensam resurs och du kommer därför att ha en viktig roll för samverkan med inriktning mot forskning kopplat till foder, nutrition och djurhälsa.

Mer information om institutionen/avdelningen: Institutionen för husdjurens biovetenskaper | slu.se

Mer information om den vetenskapligt ansvarige för projektet: Tomas Klingström | slu.se

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba vid SLU på Om SLU / Jobba på SLU | slu.se

Placering:

Uppsala, Ultuna

Anställningsform:

Postdoktor. Tidsbegränsad anställning 24 månader, med möjlighet till förlängning.

Omfattning:

100%

Tillträde:

Enligt överenskommelse. 

Ansökan:

Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2026-05-12.

Fackliga kontaktpersoner:

Fackliga kontaktpersoner vid SLU | slu.se

Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen för hållbart liv, grundad i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem och ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. SLU har drygt 4000 medarbetare, 6000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över 4,5 miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen.