Doktorand inom AI-driven digital fenotypning och genomik

Institutionen för husdjurens biovetenskaper

Forskarutbildningsämne: Teknologi

Beskrivning av doktorandprojektet: Data-driven life science (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system på flera nivåer – från molekylära processer till ekosystem. Programmet syftar till att utbilda nästa generation av datadrivna forskare inom livsvetenskaperna och stärka Sveriges internationella position inom beräkningsbaserad forskning.

Denna doktorandtjänst ingår i DDLS-området Evolution och biodiversitet, där fokus ligger på att utnyttja storskaliga datakällor såsom genomsekvensering, högupplöst bilddata och kontinuerliga biologiska mätningar för att förstå hur organismer utvecklas och fungerar.

Projektet: ”Koden som formar kroppen: AI och digital fenotypning för att förstå evolutionär morfologi hos domesticerade djur”

Målet är att förstå hur genetisk variation påverkar kroppens form och funktion genom att utveckla ett datadrivet ramverk som kopplar samman DNA, tredimensionell kroppsform och rörelse hos hästar.

Doktoranden kommer att arbeta inom tre huvudsakliga forskningsområden:

• Multimodal modellering som integrerar språk-, bild- och formrepresentationer
• Analys av samband mellan struktur och funktion (morfologi och rörelse)
• Modellering av relationen mellan genom och fenotyp med hjälp av maskininlärning

Projektet kombinerar datorseende, maskininlärning, genomik och biomekanik och bygger på storskaliga multimodala dataset, inklusive bilder, 3D-modeller, exteriörbedömningar, rörelsedata och helgenomsekvenser.

Forskningen bedrivs vid SLU i nära samarbete med KTH samt internationella partners.

Handledare är docent Elin Hernlund (SLU), medhandledare professor Hedvig Kjellström (KTH) och docent Sofia Mikko (SLU).

Arbetsuppgifter:

Doktoranden kommer att:

• Utveckla maskininlärningsmodeller för digital fenotypning och genomik
• Arbeta med multimodala dataset (bild, 3D modeller av häst, rörelse, genomik)
• Implementera modeller i Python (t.ex. PyTorch) med hjälp av högpresterande beräkningsresurser (HPC-resurser)
• Integrera data mellan fenotyp-, rörelse- och genomdomäner
• Delta i DDLS forskarskola med kurser, workshops och nationella samarbeten

Tjänsten erbjuder en unik möjlighet att arbeta i gränslandet mellan AI och livsvetenskap.

Behörighet:

Grundläggande behörighet har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 hp, varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller som på annat sätt inom eller utom landet har förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper (högskoleförordningen, kap. 7 § 39).

Den som antas ska uppfylla följande krav på särskild behörighet. För särskild behörighet i ämnet teknologi fordras kunskaper motsvarande minst 90 högskolepoäng i kurser med för teknologi relevanta ämnen. Detta ska inkludera minst 30 högskolepoäng på avancerad nivå och ett självständigt arbete. Om studerande med annan jämförbar utbildning ska anses behörig avgörs i varje enskilt fall av fakultetsnämnden. 

Dessutom krävs att du har kunskaper i Engelska som motsvarar godkänt betyg i Engelska B/6 från svenskt gymnasium.

Din bakgrund:

Vi söker en motiverad kandidat med intresse för tvärvetenskaplig och datadriven forskning.

Krav:

• Erfarenhet av programmering (Python är meriterande)
• Bakgrund inom data science, datalogi, biostatistik
• Förmåga att arbeta både självständigt och i grupp

Meriterande:

• Erfarenhet av maskininlärning eller deep learning
• Erfarenhet av datorseende eller bildanalys
• Erfarenhet av 3D-data eller geometriska modeller
• Kunskap inom genetik eller biologiska data
• Erfarenhet av stora dataset eller high-performance computing (HPC)

Stor vikt läggs vid analytisk förmåga, nyfikenhet och samarbetsförmåga. Intresse för djur är en fördel. 

Om oss:

Tjänsten är placerad vid Institutionen för husdjursvetenskap vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) i Uppsala, inom Animal Locomotion and Emotion Laboratory. Institutionen är en del av fakulteten för veterinärmedicin och husdjursvetenskap och ansvarar för utbildning och forskning inom flera grundläggande och tillämpade vetenskapliga områden. Dessa områden omfattar anatomi, fysiologi, biokemi, patologi, farmakologi, toxikologi, genetik, avel, immunologi, bakteriologi, virologi, parasitologi, epizootologi, komparativ medicin, livsmedelssäkerhet, bioinformatik och One Health. Vår forskning omfattar allt från produktionsdjur till sport- och sällskapsdjur, försöksdjur och vilda djur. Institutionens forskare arbetar i hela skalan från molekylära mekanismer och mikrobiologi till djurens struktur, funktion och beteende, och hur dessa påverkas av avel, fysisk aktivitet, skötsel, produktion, stress, miljöfaktorer och sjukdomar.

Forskningsmiljön kombinerar biomekanik, artificiell intelligens och djurgenetik, med tillgång till avancerad infrastruktur såsom 3D-skanningssystem, rörelseanalystekniker samt beräkningsresurser för datadriven analys.

Doktoranden kommer att vara en del av DDLS forskarskola, ett nationellt program som erbjuder kurser, workshops och nätverksmöjligheter över hela Sverige.

Projektet genomförs i samarbete med KTH Royal Institute of Technology samt internationella forskningspartners, inklusive Dr Senya Polikovsky vid Max Planck Institute for Intelligent Systems (Tübingen, Tyskland), Dr Silvia Zuffi vid IMATI-CNR (Milano, Italien) och Dr Michela Ablondi vid Parma University (Italien). Dessa samarbeten ger tillgång till ledande expertis inom datorseende, 3D-modellering samt AI-baserad biologisk modellering och genomik, inklusive internationellt ledande forskargrupper inom dessa områden.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom SLU på https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/

Läs mer om SLU:s forskarutbildning på https://www.slu.se/utbildning/program-kurser/forskarutbildning/.

Försörjningsform och lön:
Anställning som doktorand (4 års utbildning).

Lönen för doktorandanställningen följer lokalt kollektivavtal med fasta lönesteg.

Omfattning:
100%

Placering:
Uppsala

Tillträde:
Oktober 2026

Ansökan och urval:
Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2026-06-01.

Läs mer om de bilagor som din ansökan ska innehålla på https://www.slu.se/utbildning/studera/forskarutbildning/hur-kan-jag-bli-doktorand/ansokan-och-bilagor

Urval bland behöriga sökande sker baserat på de bilagor som bifogas i ansökan, och ska göras med hänsyn till förmåga att slutföra utbildningen inom utsatt tid.

Fackliga kontaktpersoner

https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/

Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen för hållbart liv, grundad i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem och ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. SLU har drygt 4000 medarbetare, 6000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över 4,5 miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen.