Effekten av bakgrundsselektion och stabiliserande selektion på genetisk arkitektur hos husdjur

Bakgrund

Genetisk arkitektur hänvisar till antal varianter som bidrar till egenskaper, deras frekvens och effektstorlek. Många egenskaper som är viktiga för husdjurs produktivitet, hälsa och välfärd har komplexa arkitekturer, som påverkats av populationshistoria och naturligt urval. Detaljerna är dock svåra att studera i empiriska data, eftersom de flesta orsakande varianter har individuellt små effekter.

Mål

Detta projekt syftar till att beskriva den genetiska arkitekturen för egenskaper som hos husdjur, baserat på deras populationshistoria, historiskt stabiliserande urval och naturligt utval mot kopplade skadliga varianter. För att uppnå detta kommer projektet att använda simuleringar av genom under urval.

Projektbeskrivning

Projektet kommer att använda simuleringsprogrammet SLiM för att simulera nötkreaturspopulationer med mutation, selektion och realistisk populationshistorik, med hjälp av parametrar från litteraturen och verkliga data. Projektet kommer att variera populationsgenetiska parametrar inklusive mutationsfrekvens, selektionens styrka, effekstorlek och dominanskoefficienter för skadliga varianter, och beskriva deras effekt på den genetiska arkitekturen.

Genetisk arkitektur kommer att beskrivas med olika enkla och mer komplexa statistika, inklusive allelfrekvens, kopplingsojämvikt, polygenicitet och fördelningen av effektstorlekar.

Projektet kan även beskriva fixeringar av varianter under den tidiga aveln, signaturer av selektion i genomet, effekter på genomisk prediktion, strukturen hos den genomiska relationsmatrisen och den statistiska styrkan hos associationsstudier (GWAS).

Specifikationer

Projektet passar för studenter inom husdjursvetenskap eller bioinformatik som är intresserade av modellering, husdjursavel eller domesticering.