Masteruppsatsprojekt i molekylär genetik och genomik

Projektbeskrivning

Dessa föreslagna examensarbeten fokuserar på identifiering av genetiska associationer och potentiella orsakande varianter som ligger till grund för fenotypiska egenskaper eller ärftliga sjukdomar hos djur (främst häst, katt och älg). Studenterna kommer att analysera fenotyper och genomiska dataset (SNP-arraygenotyper eller helgenomsekvensering) med hjälp av etablerade bioinformatiska, genetiska och statistiska metoder, såsom GWAS, blandade modellanalyser och variantannotering.

Arbetet omfattar kvalitetskontroll av genomdata, detektering av signifikanta associationssignaler, undersökning av kandidatgener inom målregioner och prioritering av funktionella varianter. Resultaten kommer att tolkas i relation till biologiska mekanismer och deras relevans för djuruppfödning, hälsa eller välbefinnande.

Jag är också öppen för studenternas egna förslag på projekt relaterade till molekylär genetik eller genomik.

Exempel på projekt:

• Genomik av skrotalbråck hos hästar
• Genomik av cerebellär abiotrofi hos gotlandsponnier
• Genomik av vit pälsfärg hos älg
• Genomik av platt bröstkorg hos bengalkatter
• Genomik och mått på hästars flexibilitet
• Populationsgenomik hos inhemska nordiska hästraser
• Genomik och 3D-data för att avkoda hästars form och rörelseförmåga
• Imputation av genomdata för släktskapsanalys hos hästar
• Nuläget för genetiska sjukdomar hos svenska hästar

Speficikationer

Vissa delar av studierna är lämpliga för studenter med kunskaper i bioinformatik, R och/eller Python, medan andra delar är mer lämpliga för studenter inom animal science eller veterinärmedicin.