Metagenomiska analyser av parasitära nematoder i fekala prover från idisslare

Bakgrund

Nematodparasiter utlöser produktionsbegränsande endemiska sjukdomar som är ett viktigt hinder för djurens hälsa och produktivitet. Förutom att orsaka förluster på grund av subkliniska infektioner och åtföljande prestationsnedsättningar kan kraftiga nematodinfektioner orsaka allvarliga kliniska symptom och ibland dödsfall.

Sammantaget hotar dessa infektioner livskraften för djurhållningsindustrin i hela världen, inklusive EU och Sverige. Nuvarande åtgärder för parasitkontroll bygger främst på upprepade anthelmintiska behandlingar, men denna strategi hotas av den utbredda utvecklingen av läkemedelsresistens hos vissa arter. Följaktligen är korrekt artbestämning avgörande både för epidemiologiska studier och för övervakning av läkemedelsresistens i flockar som behandlas med anthelmintika. På grund av den stora morfologiska likheten mellan ägg- och larvstadierna är sådan identifiering dock inte en trivial uppgift med traditionella parasitologiska tekniker och är beroende av expertis som stadigt minskar.

Syfte

Syftet med denna studie är att utveckla ett protokoll baserat på "Next generation sequencing" (NGS) för artavgränsning av nematodsamhällen som förekommer i komplexa prover som består av flera arter i olika släkten. Ett sådant diagnostiskt verktyg är en viktig förutsättning för att undersöka de dynamiska förändringarna i parasitsamhällets struktur i förhållande till avmaskningsstrategier. Samma teknik kan också användas för att studera eventuella förändringar i nematodsamhällets struktur i områden med olika grad av interaktion mellan tamboskap och idisslare från vilda djur, men också i samband med djurhandel som leder till att djur förflyttas mellan regioner och olika gårdar.

Vi förväntar oss därför att få tillgång till ett verktyg så att vi i detalj kan undersöka det komplexa samspelet mellan olika värddjur och deras parasiter och hur detta påverkas av olika biologiska och miljömässiga faktorer.

Specifikationer

Inga särskilda för det här projektet. Välkommen med din ansökan!