Mikrobiota och genetisk variation hos renkalvar: analys 16S- och mikrosatellitdata i relation till överlevnad

Bakgrund

Tarm- och oral mikrobiota spelar en avgörande roll i immunfunktion och näringsupptag hos idisslare. Hos renkalvar är dessa system dåligt kartlagda, särskilt i relation till överlevnad i ett semidomesticerat och arktiskt sammanhang. I detta projekt finns prover från både mun och anus från 54 renkalvar, insamlade under kalvmärkning (juni/juli 2024), samt tillhörande mikrosatellitdata, kön och återfångstinformation från höst och vinter – vilket möjliggör analys av mikrobiotans potentiella betydelse för överlevnad.

Syfte

Att undersöka variationen i oral och fekal mikrobiota hos renkalvar och analysera om mikrobiotans sammansättning och diversitet kan kopplas till genetiska faktorer, kön och överlevnad.

Projektbeskrivning

Genomförande

Start: närsomhelst.

Metod

• 16S-metabarcodingdata från mun och anus analyseras med etablerade verktyg (t.ex. Phyloseq, vegan i R).
• Jämförelse av mikrobiota mellan individer, kön och provtagningsställen.
• Mikrosatellitdata analyseras för genetisk variation (t.ex. heterozygositet).
• Statistiska analyser inkluderar diversitetsmått, PERMANOVA, regressionsmodeller och korrelationer med återfångststatus (överlevnad).
• Eventuell explorativ analys av “signaturtaxa” hos individer som överlevt eller inte.

Förväntade resultat

• Karakterisering av oral och fekal mikrobiota hos unga renar.

• Undersökning av mikrobiotans roll i överlevnad och dess koppling till genetiska och fenotypiska faktorer.

• Identifiering av mikrobiella mönster associerade med överlevnad, vilket kan bidra till ökad förståelse för kalvhälsa i renskötsel.

Specifikationer

Veterinär-, biologi-, biomedicin- eller husdjursagronomstudenter. Grundläggande kunskaper i bioinformatik och statistik är önskvärda.