Statistisk styrka i associationsstudier av korsningsdjur

Bakgrund

Inom gris- och fjäderfäavel är djuren på bruksbesättningar korsade, med tre- eller fyrvägs terminala korsningsstrategier som kombinerar genetiken från 3–4 genetiskt distinkta linjer. Den selektiva aveln sker inom dessa linjer, men av både praktiska och vetenskapliga skäl utförs genetisk forskning ibland med korsningsdjur. Prover och fenotyper från korsningsdjur kan vara mer tillgängliga än från föräldralinjerna, och miljön i bruksbesättningar där korsningsdjuren hålls kan vara mer relevant.

Mål

Detta projekt syftar till att kvantifiera styrkan och precisionen i associationsstudier av hela genomet som använder korsningsdjur, och beskriva genetiska varianters bidrag till genetisk varians hos korsningsdjur. För att uppnå detta kommer projektet att använda genetisk simulering och teoretiska styrkeberäkningar.

Projektbeskrivning

Projektet kommer att använda simuleringsverktyget AlphaSimR för att simulera avelsprogram med korsning, med urval inom linjer och korsningar mellan dem.

De simulerade kausala varianterna hos korsningsdjur kommer att användas för att kvantifiera styrkan i associationsstudier av hela genomet (GWAS). Varianterna kommer att klassificeras baserat på deras differentiering mellan linjer, effektstorlek och bidrag till genetisk varians hos korsningarna. Parametrar i avelsprogrammet, som egenskapernas polygenicitet och skillnader i selektion mellan linjer, kommer att varieras för att beskriva deras inverkan.

Projektet kan också implementera GWAS på de simulerade data för att kontrollera de teoretiska prediktionerna av styrka och beskriva upplösningen på grund av kopplingsojämvikt, samt göra jämförelser med verkliga genotypdata från korsade värphöns.

Specifikationer

Projektet passar studenter inom husdjursvetenskap eller bioinformatik som är intresserade av modellering, husdjursavel och genetisk kartläggning.