Bioinformatik
The course aims to give a solid basis in basic bioinformatic methods. It covers the theories, algorithms and practical applications of computer-based methodology for the analysis of DNA/protein sequences, protein structures, and data produced by large-scale methods for understanding interactions of different biomolecules.
Information från kursledaren
Dear students,
The course will start with an introduction about the course schedule, introduction to the online system that will administer and contain all modules of the course and present practical details how to work.
The course will start the 30 August 2021 at 10 CET. All materials, including recorded lectures and tutorials will be available through the course management system Canvas.
Due to COVID19 the course will be an online course with some opportunities for hybrid solutions depending on the pandemic situation.
There is now a published schedule for the course, some very minor changes may occur and the final schedule with more detailed information will be published just before the start.
A Zoom link will be distributed to all registered students in due time.
In the name of all teachers and personnel working with the course:
Welcome to an exciting adventure together!
Professor Erik Bongcam-Rudloff
Kursvärdering
Kursvärderingen är avslutad
BK0001-10005 - Sammanställning av kursvärdering
Efter att kursvärderingen stängt har kursansvarig och studentrepresentanten upp till en månad på sig att skriva kommentarer. De publiceras automatiskt i sammanställningen.
Andra kursvärderingar för BK0001
Läsåret 2024/2025
2024-11-01 - 2025-01-19
Läsåret 2023/2024
2023-10-31 - 2024-01-14
Läsåret 2022/2023
2022-08-29 - 2022-10-31
Kursplan och övrig information
Kursplan
BK0001 Bioinformatik, 15,0 Hp
BioinformaticsÄmnen
BioinformatikUtbildningens nivå
Avancerad nivåModuler
| Benämning | Hp | Kod |
|---|---|---|
| Projekt | 5,0 | 0102 |
| Tentamen | 10,0 | 0103 |
Fördjupning
Avancerad nivå, har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskravAvancerad nivå (A1N)
Betygsskala
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.
Språk
EngelskaFörkunskapskrav
180 hp på grundnivå, varav• 60 hp biologi varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik
eller
• 60 hp husdjursvetenskap varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik
eller
• 60 hp lantbruksvetenskap varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik
eller
• 60 hp hippologi varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik
eller
• 60 hp djuromvårdnad varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik
eller
• 60 hp veterinärmedicin varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik
eller
• 60 hp datavetenskap samt 7,5 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik
samt Engelska 6
Mål
Kursen syftar till att ge en solid bas i grundläggande bioinformatiska metoder och behandlar teorier, algoritmer och praktiska tillämpningar i datorbaserad metodik för analys av DNA/proteinsekvenser, proteinstrukturer samt data producerat av storskaliga metoder för att förstå interaktioner av olika livsmolekyler.
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
redogöra för grundbegreppen inom bioinformatik,
självständigt utföra homologianalyser av såväl protein- som DNA-sekvenser och tolka resultaten,
använda sig av de vanligaste kommandona i Unix/Linux,
använda sig av de vanligaste R-kommandon,
självständigt bygga upp en bioinformatisk arbetsstation med fria programvaror anpassade till de egna behoven,
använda biologiska databaser,
beskriva tekniker inom "High Troughput Sequencing" (HTS eller NGS)samt metoder för analys av expressionsdata som tagits fram med RNAseq teknik,
hantering och analys av storskaliga datamängder,
hantera användandet av programlösningar i datorkluster och molntjänster.
Innehåll
Kursen behandlar bioinformatiska metoder såsom teorier, algoritmer och praktiska tillämpningar i datorbaserad metodik för analys av DNA/proteinsekvenser, proteinstrukturer, annotering av genom, metagenomik. Kursen behandlar även teorier för analys av RNAseq expressionsdata samt olika analysmetoder inom "High Troughput Sequencing" (Ibland kallad NGS).
Moment som ingår: biologiska databaser, biostatistik, homologianalyser, genanalyspaket (tyngdpunkt på fria analyspaket), webbaserade analysverktyg, Unix OS, R, komparativ genomik, funktionell genomik, metagenomik, molekylär evolution, RNAseq expressionsanalys, hantering av stora datamängder, principer för användande av datorkluster och molntjänster samt annotering av nya genom.
Kursen bygger på̊ föreläsningar, övningar, projektarbete och laborationer. Obligatoriska moment förekommer inom t.ex. övningar, projektarbeten och laborationer.
Betygsformer
Kraven för kursens olika betygsgrader framgår av betygskriterier, som ska finnas tillgängliga senast vid kursstart.Examinationsformer och fordringar för godkänd kurs
Godkänd skriftlig och muntlig examination. Godkänt deltagande i obligatoriska moment.
- Om studenten inte blivit godkänd på ett prov har examinatorn rätt att ge en kompletteringsuppgift – om det finns skäl för det och om det är möjligt.
- Om studenten har ett beslut från SLU om särskilt pedagogiskt stöd på grund av funktionsnedsättning, har examinatorn rätt att ge ett anpassat prov eller låta studenten genomföra provet på ett alternativt sätt.
- Om denna kursplan ändras, eller om kursen läggs ner, ska SLU besluta om övergångsregler för examination av studenter, som antagits enligt denna kursplan och ännu inte blivit godkända.
- För examination av självständigt arbete (examensarbete) gäller dessutom att examinatorn kan tillåta studenten att göra kompletteringar efter inlämningsdatum. Mer information finns i utbildningshandboken
Övriga upplysningar
- Rätten att delta i undervisning och/eller handledning gäller endast det kurstillfälle, som studenten blivit antagen till och registrerad på.
- Om det finns särskilda skäl, har studenten rätt att delta i moment som kräver obligatorisk närvaro vid ett senare kurstillfälle. Mer information finns i utbildningshandboken.
Ansvarig institution/motsvarande
Institutionen för husdjursgenetik
Kompletterande uppgifter
Litteraturlista
- Bioinformatics Kommentar: The literature will be presented at each course module as books in the subject are quickly outdated.