Dear students,

The course will start with an introduction about the course schedule, introduction to the online system that will administer and contain all modules of the course and present practical details how to work.

The course will start the 30 August 2021 at 10 CET. All materials, including recorded lectures and tutorials will be available through the course management system Canvas.

Due to COVID19 the course will be an online course with some opportunities for hybrid solutions depending on the pandemic situation.

There is now a published schedule for the course, some very minor changes may occur and the final schedule with more detailed information will be published just before the start.

A Zoom link will be distributed to all registered students in due time.

In the name of all teachers and personnel working with the course:

Welcome to an exciting adventure together!

Professor Erik Bongcam-Rudloff

Kursvärderingen är avslutad

BK0001-10005 - Sammanställning av kursvärdering

Efter att kursvärderingen stängt har kursansvarig och studentrepresentanten upp till en månad på sig att skriva kommentarer. De publiceras automatiskt i sammanställningen.

Andra kursvärderingar för BK0001

Läsåret 2022/2023

Bioinformatik (BK0001-10324)

2022-08-29 - 2022-10-31

Skriv ut Kursplan

Kursplan

BK0001 Bioinformatik, 15,0 Hp

Bioinformatics

Ämnen

Bioinformatik

Utbildningens nivå

Avancerad nivå

Moduler

Benämning	Hp	Kod
Projekt	5,0	0102
Tentamen	10,0	0103

Fördjupning

Avancerad nivå, har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskravAvancerad nivå (A1N)

Betygsskala

Språk

Engelska

Förkunskapskrav

180 hp på grundnivå, varav

• 60 hp biologi varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik

eller

• 60 hp husdjursvetenskap varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik

eller

• 60 hp lantbruksvetenskap varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik

eller

• 60 hp hippologi varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik

eller

• 60 hp djuromvårdnad varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik

eller

• 60 hp veterinärmedicin varav 15 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik

eller

• 60 hp datavetenskap samt 7,5 hp cellbiologi eller molekylärgenetik eller genetik



samt Engelska 6

Mål

Kursen syftar till att ge en solid bas i grundläggande bioinformatiska metoder och behandlar teorier, algoritmer och praktiska tillämpningar i datorbaserad metodik för analys av DNA/proteinsekvenser, proteinstrukturer samt data producerat av storskaliga metoder för att förstå interaktioner av olika livsmolekyler.



Efter avslutad kurs ska studenten kunna:

- redogöra för grundbegreppen inom bioinformatik,

- självständigt utföra homologianalyser av såväl protein- som DNA-sekvenser och tolka resultaten,

- använda sig av de vanligaste kommandona i Unix/Linux,

- använda sig av de vanligaste R-kommandon,

- självständigt bygga upp en bioinformatisk arbetsstation med fria programvaror anpassade till de egna behoven,

- använda biologiska databaser,

- beskriva tekniker inom "High Troughput Sequencing" (HTS eller NGS)samt metoder för analys av expressionsdata som tagits fram med RNAseq teknik,

- hantering och analys av storskaliga datamängder,

- hantera användandet av programlösningar i datorkluster och molntjänster.

Innehåll

Kursen behandlar bioinformatiska metoder såsom teorier, algoritmer och praktiska tillämpningar i datorbaserad metodik för analys av DNA/proteinsekvenser, proteinstrukturer, annotering av genom, metagenomik. Kursen behandlar även teorier för analys av RNAseq expressionsdata samt olika analysmetoder inom "High Troughput Sequencing" (Ibland kallad NGS).



Moment som ingår: biologiska databaser, biostatistik, homologianalyser, genanalyspaket (tyngdpunkt på fria analyspaket), webbaserade analysverktyg, Unix OS, R, komparativ genomik, funktionell genomik, metagenomik, molekylär evolution, RNAseq expressionsanalys, hantering av stora datamängder, principer för användande av datorkluster och molntjänster samt annotering av nya genom.



Kursen bygger på̊ föreläsningar, övningar, projektarbete och laborationer. Obligatoriska moment förekommer inom t.ex. övningar, projektarbeten och laborationer.

Examinationsformer och fordringar för godkänd kurs

Godkänd skriftlig och muntlig examination. Godkänt deltagande i obligatoriska moment. • Om studenten inte blivit godkänd på ett prov har examinatorn rätt att ge en kompletteringsuppgift – om det finns skäl för det och om det är möjligt.
• Om studenten har ett beslut från SLU om särskilt pedagogiskt stöd på grund av funktionsnedsättning, har examinatorn rätt att ge ett anpassat prov eller låta studenten genomföra provet på ett alternativt sätt.
• Om denna kursplan ändras, eller om kursen läggs ner, ska SLU besluta om övergångsregler för examination av studenter, som antagits enligt denna kursplan och ännu inte blivit godkända.
• För examination av självständigt arbete (examensarbete) gäller dessutom att examinatorn kan tillåta studenten att göra kompletteringar efter inlämningsdatum. Mer information finns i utbildningshandboken
.

• Om studenten inte blivit godkänd på ett prov har examinatorn rätt att ge en kompletteringsuppgift – om det finns skäl för det och om det är möjligt.
• Om studenten har ett beslut från SLU om särskilt pedagogiskt stöd på grund av funktionsnedsättning, har examinatorn rätt att ge ett anpassat prov eller låta studenten genomföra provet på ett alternativt sätt.
• Om denna kursplan ändras, eller om kursen läggs ner, ska SLU besluta om övergångsregler för examination av studenter som antagits enligt denna kursplan och ännu inte blivit godkända.
• För examination av självständigt arbete (examensarbete) gäller dessutom att examinatorn kan tillåta studenten att göra kompletteringar efter inlämningsdatum. Mer information finns i utbildningens regelsamling.

Övriga upplysningar

• Rätten att delta i undervisning och/eller handledning gäller endast det kurstillfälle, som studenten blivit antagen till och registrerad på.
• Om det finns särskilda skäl, har studenten rätt att delta i moment som kräver obligatorisk närvaro vid ett senare kurstillfälle. Mer information finns i utbildningshandboken.

Ansvarig institution/motsvarande

Institutionen för Husdjursgenetik

Det finns inga betygskriterier inlagda för denna kurs.

1. Bioinformatics Kommentar: The literature will be presented at each course module as books in the subject are quickly outdated.