Rotgallnematoder är allvarliga skadegörare i morotsodling. Morötter bör odlas på fält som är fria från rotgallnematoder, eftersom de annars lätt blir deformerade. Insamling av jordprover för analys av nematoder är därför en viktig åtgärd för odlarna för att bedöma risken för nematodskador i fält.
Enligt projektgruppen så finns det ett stort behov av förbättrade analysmetoder eftersom den traditionella analysmetod som används (morfologisk bestämning i mikroskop) är tidskrävande och har låg kapacitet. Däremot finns det molekylära metoder som är effektiva och snabba. Det första steget med de molekylära metoderna är DNA- extraktion, och det här steget är särskilt svårt när det gäller jordprover. Därför används kommersiella kit för DNA- extraktion, vilket gör DNA extraktionen till den mest kostsamma delen i analyskostnaden.
I det här projektet extraherades DNA från två jordarter med olika lerhalt. Fyra metoder för DNA extraktion jämfördes, två kommersiella kit, en publicerad enkel metod, som består av bland annat upphettning av extrakten vid 95º C i 10 minuter, och en modifierad version av denna metod. Bäst resultat av DNA mängd- och kvalitet, erhölls med FastDNA kit och den modifierade enkla metoden.
Läs mer om projektet i slutrapporten från Tillväxt Trädgård, Effektivisering av rotgallnematod DNA extrahering från jord – direkt analys av jordprover. Författare och projektmedarbetare är Zahra Omer, HS Konsult AB, Maria Viketoft, SLU, Ann-Charlotte Wallenhammar, HS Konsult AB samt Stina Andersson HIR Skåne.
Susanna Lundqvist, projektledare
Enheten för samverkan och utveckling, SLU i Alnarp
susanna.lundqvist@slu.se, 040-41 51 75