SLU-nyhet

Rekommendationer för e-infrastrukturer

Publicerad: 09 juni 2016
BigDataiStockPhoto_800.jpg

SLU-forskare rekommenderar att utveckling och underhåll av e-infrastrukturer hanteras av en professionell serviceenhet, med tyngdpunkt på samarbete mellan forskare och IT-personal.

Med ständigt ökande datamängder som produceras av Next Generation Sequencing (NGS) har även kraven som ställs på stödjande e-infrastrukturer ökat. SLU-forskare har nu publicerat rekommendationer för just detta.

I EU-projektet COST Action SeqAhead är det primära målet är att utveckla en samordnad handlingsplan för forskarsamhället, för att ta itu med den flod av next generation sequencing (NGS) data på ett effektivt och enhetligt sätt med hjälp av bioinformatik.

Erfarenheter från deltagarna i projektet har resulterat i ett antal rekommendationer för datahantering, analyser, lagring och arkivering där höga resurs- och prestandakrav är ställda.

Rekommendationerna publicerades nyligen i den vetenskapliga tidskriften Giga Science:

Recommendations on e-infrastructures for next-generation sequencing
O. Spjuth, E. Bongcam-Rudloff, J. Dahlberg, M. Dahlö, A. Kallio, L. Pireddu, F. Vezzi, and E. Korpelainen, GigaScience, vol. 5, no. 1, pp. 1-9, 2016.
DOI: 10.1186/s13742-016-0132-7
URL: https://gigascience.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13742-016-0132-7


Kontaktinformation

Erik Bongcam Rudloff, professor
Institutionen för husdjursgenetik, SLU
erik.bongcam@slu.se 018-67 21 21

Sidansvarig: charlotta.lantz@slu.se