SLU-nyhet

Storskalig kartläggning av europeiska sjöars mikroflora

Publicerad: 10 september 2021
Karta och grafer.

Vilka osynliga bakterier, arkéer, virus och protozoer döljer sig i våra sjöar? Varje droppe vatten innehåller miljontals encelliga organismer som inte kan ses med blotta ögat, och för att kartlägga och beskriva mångfald och funktion hos dessa behöver vi använda oss av nya metoder som utgår från organismernas arvsmassa.

I projektet ”PELAGICS” (Pan-European Lake Sampling - Microbial Eco-genomics) gör en internationell forskargruppering gemensam sak för att genomföra just denna typ av kartläggning på europeisk skala. Senast i raden av länder som besökts av provtagningsteamet är Sverige där forskarna samlat in prover från Mälaren, Erken, Vänern, Vättern och Torneträsk.

För svensk del deltar forskarna Stefan Bertilsson och Matthias Hoetzinger, båda från institutionen för vatten och miljö (SLU), samt Silke Langenheder från Uppsala universitet. Projektet leds av de tjeckiska forskarna Michaela Salcher och Rohit Ghai.

Tack vare ett samarbete med forskningsstationerna Abisko naturvetenskapliga station och Erkenlaboratoriet (både en del av SITES, se faktarutan) samt länsstyrelser och turistnäringen har arbetet kunna organiseras effektivt och säkert.

Totalt kommer 70 större sjöar från 16 länder att provtas. Proverna kommer användas för att odla bakterie- och protozokulturer som kommer analyseras. Mikroorganismernas samlade arvsmassa kommer sekvenseras (så kallad metagenomik).

Genom att i detalj studera de stora mängder (20 Tb) sekvensdata som ska tas fram under kommande vinterhalvår hoppas forskarna kunna svara på en rad utmanande frågor om vilka organismer som utgör sötvattnens samlade mikroflora och deras utbredning i Europa, men även mer generella frågor som rör mikroorganismers artbildning och lokala evolutionära anpassningar.

Karta och grafer.
Karta som illustrerar provtagningslokalernas geografiska utbredning i Europa. Fördelning mellan olika sjötyper och sjöarnas egenskaper visas som cirkeldiagram.

Fakta:

SITES (Swedish Infrastructure for Ecosystem Science) är en nationellt samordnad infrastruktur för terrester och limnologisk fältforskning, öppen för alla forskare. SLU är koordinator för SITES och sekretariatet är placerat vid institutionen för vatten och miljö.

Kärnan i SITES är nio fältforskningsstationer som representerar en rad svenska klimatzoner och naturtyper, inklusive jordbrukslandskap, skog, våtmarker, sjöar, vattendrag och fjäll. Fem av stationerna tillhör SLU.