Undersökningarna omfattar månadsvis provtagning och analys av vattenkemi i 67 vattendrag jämnt fördelade över hela Sverige. I 48 av dessa undersöks även bottenfauna och kiselalger en gång per år. I 28 av dessa vattendrag med provtagning av bottenfauna och kiselalger genomförs även årliga provfisken.
Programmet omfattar vattendrag av mycket varierande storlekar och olika långa tidsserier. Vattendragen har avrinningsområden som varierar i storlek från ca 1 km2 till över 10 000 km2.
Delprogrammet Trendvattendrag startade 2007, men huvuddelen av stationerna ingick i det tidigare programmet för referensvattendrag och har undersökts med avseende på vattenkemi sedan mitten av 1980-talet (kallades tidsserievattendrag 1995 - 2006). I vissa av vattendragen startade undersökningarna så sent som 2007, medan andra har 40-åriga tidsserier.