Funktionell mikrobiell ekologi

Senast ändrad: 22 september 2022
Cyanobakterie Dolichospermum sp, korta korksruvar. Mikroskopbild.
Cyanobakterie från släktet Dolichospermum sp. Hur cyanobakterierna är besläktade och anpassade till sina olika livsmiljöer kan gå att få reda på genom att studera deras DNA. Varför blir de t.ex. giftiga? Det är något som Malin Olofsson i FUME-gruppen forskar på. Foto: Malin Olofsson, SLU.

Mikroorganismer visar en stor mångfald och kan ha viktiga och oväntade effekter på våra ekosystem och deras processer i gränslandet mellan biologi, geologi och kemi. Att förstå mikroorganismernas funktionella ekologi möjliggör en effektiv och hållbar förvaltning av ekosystem och naturresurser.

På institutionen för vatten och miljö, SLU, har forskare med ett gemensamt intresse av att förstå mångfalden, ämnesomsättningen och ekologin hos dessa mikroskopiska "ekosystemingenjörer" bildat Laboratoriet för funktionell mikrobiell ekologi (Functional Microbial Ecology, FUME). De använder sig av metoder som miljögenomik och biogeokemiska analyser i både fältstudier och experiment för att besvara en rad sammanlänkade frågor inom funktionell ekologi, mångfald och mikrobiell evolution. Fokus ligger på akvatiska ekosystem, men forskningen täcker ett brett spektrum av ekosystem och de bakterier, arkéer, mikroeukaryoter och virus som vi hittar där.

Pågående forskningsprojekt

FUME är engagerat i omkring 20 forskningsprojekt. Några exempel av projekten är:

 

Video om FUME

Den här videon är Stefan Bertilssons installationsföreläsning. I videon beskriver han FUME.

FUME-laboratoriets medlemmar

Stefan Bertilsson (professor)

Moritz Buck (forskare i bioinformatik)

Lauren Davies (forskarassistent)

Matthias Hoetzinger (forskare)

Mariana Kluge (forskarassistent)

Marcus Korvela (kemist)

Prune Leroy (forskningsingenjör)

Pilar López-Hernandez (doktorand)

Maliheh Mehrshad (forskare) 

Malin Olofsson (forskare) 

Fernando Puente-Sanchéz (MSCA-forskare) 

Attila Szábo (postdoc) 

Anna Székely (forskare) 

Klas Udekwu (forskare)

Marine Vandewalle (forskningsingenjör) 

Javier Vargas Calle (forskningsingenjör)

Gäster, studenter och korttidsanställda

Tong Liu (gästforskare, SLU Umeå)

Eric Capo (gästforskare, CSIC) 

Javier Florenza Garcia (gästforskarstudent, Uppsala universitet)

Carlos Palazin Lizarbe (gästforskare, Östra Finlands universitet)

Asmus Olesen (gästforskarstudent, Köpenhamns universitet)

Aliecha van’t Spijker (Erasmusstudent)

Nhat Ton Nguyen (Erasmus MSc-student)

Fakta:

FUMEs mikrologiska laboratorium

Ett fullt utrustat lab för mikrobiologiska och molekylära analyser. Labben disponerar 130 kvadratmeter på tredje våningen, Biocentrum, SLU, på  Uppsala campus. Arbetet dokumenteras i LIMS-systemet LabCollector. Internet använder vi oss av Synology servrar för datalagring och beräkningsändamål.

Instrument

Halvautomatiskt Olympus IX73 inverterat epifluorescensmikroskop, Illumina MiSeq sekvenserinsinstiument, Beckman Coulter Cytoflex flödescytometer med provladdare och blå och violett laser, BioRad CFX Touch 96 well 4-färgs QPCR system, 96-brunns PCR-system med gradient (x2), Hidex Sense plattläsare för absorbans, fluorescens och kemoluminescens, Perkin-Elmer Labchip GX-HT fragmentanalysator, Geldokumentation, DNA/RNA-extraktions-robot, Hamilton vätskehanteringsrobot, Bead beater, Glovebox för syrefri hantering av prov, sterilbänkar (x4), autoklav, streckkodsläsare, lågtemperatur-frysar (x4), Bioscreen läsare, filtrerings-uppställningar, pumpar (vakuum, peristaltisk, membran), ismaskin, renvatten, inkubatorer, Bioreaktorer, centrifuger, provpreparerings-uppställningar, med mera.

FUMEs kemiska laboratorium

Agilent 1200 HPLC-system med diodarray, fluorescens- och elektrokemiska detektorer (x4), Thermo Fisher Delta Ray analyssystem för stabila isotoper, Ocean Optics JAZ-spektrometer, Ocean Optics USB2000 Fluorometer, Unisense OX10 mikrosensor och mikrokontroller för syrgasprofiler, Waltz 881 I, Waltz 881 I -PAM.